Il centro abitato di Porto Santo Stefano si sviluppa lungo i due porti. Il porto commerciale, quello più grande, è il primo che si incontra entrando in paese, vi ormeggiano i pescherecci ed attraccano i traghetti per le isole del Giglio e Giannutri. Il porticciolo della Pilarella invece è il luogo del passeggio e del relax di Porto Santo Stefano. Ci si arriva percorrendo il lungomare disegnato da Giorgetto Giugiaro, qui i tavoli dei bar e dei ristorantini si affacciano sul mare e vi permettono di degustare la cucina locale in totale relax ammirando il panorama di questo incantevole borgo marinaro. A causa della sua ottima posizione geografica fu sicuramente frequentato già dagli antichi popoli che navigavano nel mediterraneo. Solo i romani tuttavia hanno lasciato tracce tangibili delle loro remote presenze, tra cui la villa imperiale dei Domizi Enobarbi del I secolo a.C. I Romani nelle loro carte indicavano Porto S. Stefano con nomi vari, quali Portus Traianus, Portus ad Cetarias o Portus Incitaria. Sotto la dominazione senese che va dagli inizi del XV sec. alla metà del XVI a Porto S. Stefano si segnala solo un approdo di irrilevante importanza e soggetto a frequenti incursioni piratesche. A questo periodo risalgono le costruzioni della Torre dell'Argentiera (probabilmente nel 1442) ed alcune torri costiere. Lo sviluppo del centro iniziò soltanto intorno al 1550 sotto il Governatore spagnolo Nunez Orejon de Avila, e continuò di pari passo con la creazione dello stato dei Presidi e la costruzione della fortezza spagnola (inizio del XVII sec.) posta a controllo del porto. Il 9 maggio del 1646 Porto S. Stefano fu conquistato dai francesi per poi tornare sotto la dominazione spagnola nel luglio dello stesso anno, nel 1707 insieme a tutto lo stato dei presidi fu conquistato dagli austriaci, nel 1737 fu dei Borboni ed in questo periodo si registrò il primo sviluppo demografico derivante dalla stanziamento nel luogo di molte famiglie provenienti dal napoletano, dall'isola d'Elba, e dalla liguria. Nel 1801 si unì al regno di etruria e nel 1815 con il trattato di Vienna fu assegnato al Granducato di Toscana. Nel 1842 il granduca Leopoldo II istituì la comunità di Monte Argentario, dove Porto Santo Stefano rappresentava il capoluogo e Porto Ercole la frazione. Infine nel 1860 insieme a tutta la toscana andò ad unirsi al Regno d'Italia. La fortezza spagnola è la più interessante costruzione presente nel paese; fu costruita durante il viceregno di Don Parafan de Ribera e visto lo scarso spazio dedicato agli alloggi, molto probabilmente aveva più funzioni d'avvistamento che non di difesa. Da segnalare inoltre la presenza di numerose torri costiere oltre alla già citata Torre dell'Argentiera, lontana dal mare situata sull'omonimo colle, è alta 25 metri ha una pianta quadrata e non si riscontrano porte d'ingresso ma un'unica apertura a metà parete. Fino alla fine della seconda guerra mondiale, le fonti principali dell'economia santostefanese furono rappresentate dall'agricoltura, dalla pesca e dalla navigazione. Dagli anni sessanta invece si è sviluppato notevolmente il settore turistico arrivando ad essere la principale risorsa nell'economia del paese.