Das bebaute Gebiet von Porto Santo Stefano erstreckt sich entlang zweier Häfen. Der größere Handelshafen ist der erste, den man bei der Einfahrt in die Stadt erreicht. Hier legen die Fischerboote an, und die Fähren zu den Inseln Giglio und Giannutri legen an. Der kleine Hafen von Pilarella hingegen ist der Ort zum Flanieren und Entspannen in Porto Santo Stefano. Man gelangt dorthin, indem man die von Giorgetto Giugiaro entworfene Promenade entlangläuft, wo die Tische der Bars und kleinen Restaurants auf das Meer blicken und man in aller Ruhe die lokale Küche probieren kann, während man das Panorama dieses bezaubernden Dorfes am Meer bewundert. Aufgrund ihrer hervorragenden geografischen Lage wurde sie sicherlich schon von antiken Völkern besucht, die das Mittelmeer befuhren. Nur die Römer haben greifbare Spuren ihrer Anwesenheit hinterlassen, darunter die kaiserliche Villa der Domizi Enobarbi aus dem 1. Jahrhundert vor Christus. Die Römer nannten Porto S. Stefano in ihren Karten unter verschiedenen Namen, wie Portus Traianus, Portus ad Cetarias oder Portus Incitaria. Unter der sienesischen Herrschaft vom Beginn des 15. bis zur Mitte des 16. Jahrhunderts war Porto S. Stefano nur ein unbedeutender Hafen und Gegenstand häufiger Piratenüberfälle. Der Bau des Argentiera-Turms (wahrscheinlich 1442) und einiger Küstentürme geht auf diese Zeit zurück. Die Entwicklung des Zentrums begann erst um 1550 unter dem spanischen Gouverneur Nunez Orejon de Avila und setzte sich mit der Gründung des Staates Presidi und dem Bau der spanischen Festung (Anfang des 17. Jahrhunderts) zur Kontrolle des Hafens fort. Am 9. Mai 1646 wurde Porto S. Stefano von den Franzosen erobert und kam im Juli desselben Jahres wieder unter spanische Herrschaft. 1707 wurde es zusammen mit dem gesamten Presidi-Staat von den Österreichern erobert, 1737 gehörte es den Bourbonen, und in dieser Zeit gab es die erste demographische Entwicklung durch die Ansiedlung vieler Familien aus Neapel, der Insel Elba und Ligurien. Im Jahr 1801 kam es zum Königreich Etrurien und wurde 1815 mit dem Vertrag von Wien dem Großherzogtum Toskana zugeschlagen. 1842 gründete Großherzog Leopold II. die Gemeinde Monte Argentario, in der Porto Santo Stefano die Hauptstadt und Porto Ercole der Ortsteil war. Im Jahr 1860 wurde sie schließlich zusammen mit der gesamten Toskana dem Königreich Italien angeschlossen. Die spanische Festung ist das interessanteste Gebäude der Stadt. Sie wurde während des Vizekönigreichs von Don Parafan de Ribera erbaut und hatte angesichts des begrenzten Raums, der für die Unterbringung zur Verfügung stand, wahrscheinlich eher eine Aussichts- als eine Verteidigungsfunktion.
Neben dem bereits erwähnten Argentiera-Turm, der weit vom Meer entfernt auf dem gleichnamigen Hügel steht, gibt es noch weitere Küstentürme. Er ist 25 Meter hoch, hat einen quadratischen Grundriss und verfügt über keine Eingangstüren, sondern eine einzige Öffnung in der Mitte der Mauer. Bis zum Ende des Zweiten Weltkriegs bestand die Wirtschaft von Santo Stefano hauptsächlich aus Landwirtschaft, Fischerei und Schifffahrt. Seit den 1960er Jahren hat sich der Fremdenverkehr jedoch stark entwickelt und ist zum wichtigsten Wirtschaftsfaktor der Stadt geworden.
