Kale'nin içinde Muhammed Ali'nin Harem Sarayı'nı da ziyaret edebilirsiniz. Manial'deki Prens Muhammed Ali Sarayı Müzesi, Mısır'ın en güzel ve önemli tarihi müzelerinden biridir. Modern Mısır tarihinin önemli bir dönemini sergileyen müze, mimari tasarımıyla dikkat çekmektedir. Modern İslami tarzı Pers ve Memlük unsurlarıyla birleşmektedir. Ayrıca Suriye, Fas ve Endülüs motiflerinin yanı sıra Osmanlı tarzından da esinlenilmiştir. Bina böylece bir dizi İslami mimari gelenek arasında uyum sağlamaktadır.
Prens Muhammed Ali Tevfik'in sarayı Hicri 1319- 1348/ Miladi 1900-1929 yılları arasında inşa edilmiş olup sarayın girişini çevreleyen bir dış duvardan oluşmaktadır. Duvarların içinde sarayı çevreleyen harika bahçenin yanı sıra kabul alanı, saat kulesi, Sebil, cami, av müzesi, yaşam alanları, taht salonu, özel müze ve altın salon bulunmaktadır. Saraya girdiğinizde ilk göreceğiniz şey Kabul Sarayı'dır. Çiniler, avizeler ve oymalı tavanlarla cömertçe dekore edilmiş büyük salonları, özel konserler veren ve Piyano Konçertosu da dahil olmak üzere bazı müziklerini Saray'da besteleyen ünlü Fransız besteci Camille Saint-Saëns gibi prestijli konukları ağırlamak için tasarlanmıştır. 5 numaralı "Mısırlı" başlıklı piyano konçertosu. Kabul Salonu halılar, mobilyalar ve süslü Arap masaları da dahil olmak üzere nadir antikalar içermektedir. Prens'in nadir eserleri aramak ve bunları sarayında ve müzesinde sergilemek üzere kendisine getirmekle görevli bir ekibi olduğu söylenmektedir.
Saray iki kattan oluşmaktadır. İlkinde devlet adamlarının ve büyükelçilerin kabul edildiği şeref odası ve üst düzey ibadet edenlerin her hafta Cuma namazlarından önce Prens ile birlikte oturdukları kabul salonu yer alırken, üst katta biri Fas tarzında tasarlanmış, duvarları aynalar ve fayans çinilerle kaplı iki büyük salon, diğeri ise Levanten tarzında tasarlanmış, duvarları Kuran yazıları ve şiir ayetleri ile renkli geometrik ve çiçek motifleri içeren ahşapla kaplı bir salon bulunmaktadır.
Konut Sarayı da aynı derecede etkileyicidir ve buradaki en zarif parçalardan biri Prens'in annesine ait olan 850 kg saf gümüşten yapılmış bir yataktır. Burası ana saray ve inşa edilen ilk bina. Bir merdivenle birbirine bağlanan iki kattan oluşmaktadır. Birinci katta çeşme fuayesi, haremlik, ayna odası, mavi salon odası, deniz kabuğu salon odası, Şekma, yemek odası, şömine odası ve Prens'in ofisi ve kütüphanesi bulunmaktadır. Belki de en ilginç oda, mavi fayans çiniler ve Oryantalist yağlı boya tablolarla süslü duvarlara yaslanmış deri koltuklarıyla Mavi Salon'dur.
Bundan sonra, görülmesi oldukça çarpıcı olan Taht Sarayı var. İki kattan oluşur, alt kata Taht Salonu denir, tavanı odanın dört köşesine uzanan altın ışınları olan bir güneş diskiyle kaplıdır. Koltuk ve sandalyeler kadife ile kaplıdır ve oda Muhammed Ali'nin ailesinden Mısır'ın bazı yöneticilerinin büyük resimlerinin yanı sıra Mısır'ın çevresinden manzara resimleri ile kaplıdır. Prens, bayramlar gibi belirli durumlarda misafirlerini burada kabul ederdi. Üst kat kış sezonu için iki salondan ve tüm duvarları Fransız Aubusson dokusuyla kaplı olduğu için Aubusson Odası olarak adlandırılan nadir bir odadan oluşmaktadır. Bu oda Prens Muhammed Ali'nin anne tarafından büyükbabası olan İlhami Paşa'nın koleksiyonuna adanmıştır.
Bir diğer büyük oda, antikalardan yoksun olmasına rağmen resmi kutlamalar için kullanılan, tüm duvar ve tavan süslemeleri altın olduğu için bu şekilde adlandırılan Altın Salon'dur. Belki de bu durum, duvarlarının ve tavanının oyma altın yaldızlı çiçek ve geometrik motiflerle kaplı olmasıyla açıklanabilir. Prens Muhammed Ali aslında bu salonu, Kırım Savaşı'nda Rus İmparatorluğu'na karşı kazandığı zafer vesilesiyle İlhami Paşa'yı onurlandırmak için katılan Sultan I. Abdülmecid'i ağırlamak üzere inşa eden dedesi İlhami Paşa'nın evinden taşımıştır.
Saraya bitişik caminin rokoko esintili tavanı ve mavi seramiklerle süslü mihrabı (niş), sağında ise altın yaldızlı süslemelerle bezeli küçük bir minberi bulunmaktadır. Seramik eserler aslen Kütahyalı olan Ermeni seramikçi David Ohannessian tarafından yapılmıştır. Caminin iki eyvanı vardır, doğu eyvanının tavanı küçük sarı cam kubbeler şeklindeyken, batı eyvanı güneş ışını süslemeleriyle dekore edilmiştir.
Saray içerisinde, Kabul Salonu ile Cami arasında bir Saat Kulesi yer almaktadır. Geceleri ateşle, gündüzleri ise dumanla gözlem yapmak ve mesaj göndermek için kullanılan Endülüs ve Fas kulelerinin tarzlarını birleştiren kulenin tepesinde, akrep ve yelkovanı iki yılan şeklinde olan bir saat bulunmaktadır. Kulenin alt kısmında, sarayın diğer birçok bölümünde olduğu gibi Kur'an-ı Kerim yazıları yer almaktadır.
Sarayın tasarımında Avrupa Art Nouveau ve Rokoko tarzları ile Memlük, Osmanlı, Fas, Endülüs ve İran gibi geleneksel İslami mimari tarzları bir araya getirilmiştir. Kraliyet döneminde Prens Muhammed Ali, ülkenin önde gelen paşaları ve bakanları, ileri gelenleri, yazarları ve gazetecileri için burada birçok parti ve toplantı düzenledi. Prens, ölümünden sonra sarayın müzeye dönüştürülmesini istemiştir.
1952 devriminden sonra Muhammed Ali Paşa'nın torunlarının mülklerine el konuldu ve saray bir müzeye dönüştürülerek halkın kraliyet ailelerinin yaşadığı ihtişamı kendi gözleriyle görmesi sağlandı.