Citadelē var apmeklēt arī Muhameda Ali harēma pili. Prinča Muhameda Ali pils muzejs Manialā ir viens no skaistākajiem un nozīmīgākajiem vēsturiskajiem muzejiem Ēģiptē. Muzejs eksponē nozīmīgu mūsdienu Ēģiptes vēstures periodu, un to raksturo arhitektoniskais noformējums. Tā modernais islāma stils saplūst ar persiešu un mamluku elementiem. To iedvesmojuši arī sīriešu, marokāņu un andalūziešu motīvi, kā arī osmaņu stils. Tādējādi ēkā ir saskanīgas vairākas islāma arhitektūras tradīcijas.
Prinča Muhameda Ali Tavfika pils tika uzcelta laikā no 1319. līdz 1348. gadam pēc mūsu ēras/ 1900-1929. gadā, un to veido ārsiena, kas ieskauj ieeju pilī. Sienas iekšpusē atrodas pieņemšanas telpa, pulksteņa tornis, Sabils, mošeja, medību muzejs, dzīvojamās telpas, troņa zāle, privātais muzejs un zelta zāle, kā arī brīnišķīgs dārzs, kas ieskauj pili. Uzņemšanas pils ir pirmais, ko redzat, ieejot pilī. Tās grandiozās zāles, kas grezni rotātas ar flīzēm, lustrām un griestu griezumiem, bija paredzētas prestižu viesu uzņemšanai, piemēram, slavenā franču komponista Kamila Sensa (Camille Saint-Saëns), kurš pilī sniedza privātkoncertus un komponēja daļu savas mūzikas, tostarp Koncertu klavierēm Nr. 5 ar nosaukumu "Ēģiptiete". Uzņemšanas zālē ir retas senlietas, tostarp paklāji, mēbeles un dekorēti arābu galdi. Runā, ka princim bijusi komanda, kuras uzdevums bijis meklēt retus artefaktus un nogādāt tos pie viņa, lai izstādītu tos savā pilī un muzejā.
Pils sastāv no diviem stāviem. Pirmajā atrodas goda telpa, kurā tiek uzņemti valstsvīri un vēstnieki, un pieņemšanas zāle, kurā katru nedēļu pirms piektdienas lūgšanām kopā ar princi sēž vecākie dievlūdzēji, bet augšējā ir divas lielas zāles, no kurām viena ir veidota marokāņu stilā, kur tās sienas bija klātas ar spoguļiem un fajansa flīzēm, bet otra zāle bija veidota levantiešu stilā, kur sienas ir klātas ar koku ar krāsainiem ģeometriskiem un ziedu motīviem ar Korāna rakstiem un dzejas pantiem.
Tikpat iespaidīga ir arī dzīvojamā pils, un viens no izsmalcinātākajiem eksponātiem tajā ir no 850 kg tīra sudraba izgatavota gulta, kas piederēja prinča mātei. Šī ir galvenā pils un pirmā uzceltā ēka. Tā sastāv no diviem stāviem, kas savienoti ar kāpnēm. Pirmajā stāvā atrodas strūklakas foajē, haramlik, spoguļistaba, zilā salona telpa, jūras gliemežvāku salona telpa, šekma, ēdamistaba, kamīnzāle, kā arī prinča kabinets un bibliotēka. Interesantākā telpa, iespējams, ir Zilais salons ar ādas dīvāniem, kas pieskaņoti pie sienām, kuras rotā zilas fajansa flīzes un austrumnieciskas eļļas gleznas.
Pēc tam seko troņa pils, kas ir gluži satriecoša. Tā sastāv no diviem stāviem, apakšējo sauc par Troņu zāli, tās griestus klāj saules disks ar zelta stariem, kas sniedzas uz četriem telpas stūriem. Dīvāni un krēsli ir pārklāti ar velūru, un telpa ir izklāta ar lielām gleznām, kurās attēloti daži Ēģiptes valdnieki no Mohameda Ali dzimtas, kā arī ar ainavu gleznām no Ēģiptes apkārtnes. Šajā telpā princis uzņēma savus viesus noteiktos gadījumos, piemēram, svētkos. Augšstāvā ir divas zāles, kas paredzētas ziemas sezonai, un reti sastopama telpa, ko dēvē par Aubusona istabu, jo visas tās sienas klātas ar franču Aubusona faktūru. Tā ir veltīta Ilhami Pašas, prinča Mohameda Ali vectēva no mātes puses, kolekcijai.
Vēl viena lieliska telpa ir Zelta zāle, kas tā nosaukta tāpēc, ka visas tās sienas un griesti rotāti ar zeltu, un kas tika izmantota oficiālām svinībām, lai gan tajā nav senlietu. Iespējams, tas izskaidrojams ar to, ka tās sienas un griesti ir klāti ar zeltītiem zeltītiem, griezētiem ziedu un ģeometriskiem motīviem. Princis Mohameds Ali patiesībā pārcēla šo zāli no sava vectēva Ilhami Pašas mājas, kurš sākotnēji to uzcēla, lai uzņemtu sultānu Abdul Mažidu I, kurš ieradās godināt Ilhami Pašu par godu viņa uzvarai pret Krievijas impēriju Krimas karā.
Pils piebūvētajai mošejai ir rokoko stila griesti un mihrabs (niša), kas rotāts ar zilām keramikas flīzēm, bet labajā pusē atrodas neliels minbārs (kancele), kas rotāts ar apzeltītiem ornamentiem. Keramikas darbu autors ir armēņu keramiķis Dāvids Ohannessjans, kurš ir dzimis Kutahijā. Mešejai ir divi ivani, austrumu ivanu griesti ir veidoti kā mazi dzelteni stikla kupoli, bet rietumu ivanu rotā saules staru dekori.
Starp pieņemšanas zāli un mošeju atrodas pulksteņa tornis, kas atrodas pils iekšienē. Tas apvieno Andalūzijas un Marokas torņu stilus, kas tika izmantoti, lai novērotu un sūtītu ziņojumus ar uguns palīdzību naktī un dūmu palīdzību dienā, un tam ir piestiprināts pulksteņrādis, kas novietots augšpusē, un tā rādītāji ir divu čūsku formā. Torņa apakšdaļā, tāpat kā daudzās citās pils daļās, ir izvietoti Korāna raksti.
Pils dizainā apvienoti Eiropas jūgendstila un rokoko stili ar tradicionālajiem islāma arhitektūras stiliem, piemēram, mamluku, osmaņu, marokāņu, andalūziešu un persiešu. Karaļa ēras laikā princis Mohameds Ali tur rīkoja daudzas viesības un tikšanās valsts augstākajiem pasžiem un ministriem, augstām amatpersonām, rakstniekiem un žurnālistiem. Princis lūdza, lai pēc viņa nāves pils tiktu pārveidota par muzeju.
Pēc 1952. gada revolūcijas tika konfiscēti Mohameda Ali pasas pēcteču īpašumi, un pils tika pārveidota par muzeju, un sabiedrība beidzot varēja pārliecināties par karaliskās ģimenes dzīves greznību.