Malta pealinnas viibimine ei ole täielik, kui ei külastata Malta Püha Johannese katedraali. Selle tellis 1572. aastal suurmeister Jean de la Cassiere, et see oleks Johannese rüütliristi kirik, mille projekteeris Malta arhitekt Gerolamo Cassar. Töö valmis 1577. aastaks ja see on pühendatud Pühale Ristija Johannesele, ühele ordu kahest kaitsepühakust. St. John’s Co-Cathedral Vallettas näitavad kristluse tähtsust Malta riigi jaoks. Väljastpoolt ei pruugi see 16. sajandist pärit katedraal palju välja näha, kuid heita pilk sisse ja sind ootab ees tõeline üllatus. Katedraal renoveeriti 17. sajandil ja on rikkaliku barokkdekoratsiooniga. Lisaks rikkalikule barokikunstile ja reliikviatele on Co katedraalis ka muljetavaldavad barokkfreskod, kaunistatud marmorpõrandad, kolmemõõtmelised kujud, nikerdatud kiviseinad ja hingematvad võlvlaed, mida kaunistas tuntud Itaalia barokikunstnik Mattia Preti. Co-katedraalis asub ka Michelangelo Merisi da Caravaggio üks rahvusvaheliselt tuntumaid teoseid, mis on tuntud kui ‘Ristija Johannese mahalöömine’ (1608). Oraatooriumis asuv maal on Caravaggio suurim kunstiteos ja ainus, mis kannab tema allkirja. Igal päeval aastas jõuavad külastajad katedraali, et heita pilk kuulsale kunstiteosele, ning paljud pöörduvad katedraali tagasi iga kord, kui nad saarel viibivad. Katedraal ise koosneb üheksast kaunilt kaunistatud kabelist mõlemal küljel; kaheksa on ehitatud igale Johannese rüütliristi keelele ja üheksas on pühendatud nende kaitsepühakule, ordu teisele kaitsepühakule, Meie Naine Filermosele. Viimases kabelis asub ka iidne Philermose daami ikoon, mida rüütlid pidasid pühaks esemeks. St John’s Co-Cathedral Maltal asub ka salapärane krüpt, mis sisaldab Johannese rüütlite varasemate suurmeistrite hauakambreid.
