Kirken har haft en tumult historie. I 512 e.kr. overbeviste Saint Germain, som senere skulle blive biskop i Paris, den merovingiske konge Childebert om at bygge et kloster med en kirke. Kirken, der havde vigtige relikvier, var dedikeret til Saint Vincent og Det Hellige Kors. Det var en af de vigtigste kirker i Frankrig og det sidste hvilested for de merovingiske konger. Dens tag var guldmalet, hvilket førte til navnet 'Saint-Germain-le-Dorrius' (forgyldt Saint Germain). I det niende århundrede blev kirken ransaget flere gange af vikingerne og i sidste ende ødelagt af ild. Omkring år 1000 begyndte genopbygningen af kirken, og den blev til sidst indviet i 1163. I slutningen af middelalderen blev der opført en række yderligere bygninger på Benediktinerklosterkomplekset, der voksede til en af de største og vigtigste i hele Frankrig.
Under den franske Revolution blev de religiøse ordener undertrykt, og klosteret blev brugt som et lager. En stor eksplosion af pistolpulver, der blev opbevaret i refektoriet, ødelagde næsten hele komplekset og beskadigede kirken alvorligt.
Kirken i dag Kirkens nuværende udseende er resultatet af en renovering i det nittende århundrede, da arkitekt Victor Baltard og maler Jean-Hippolyte Flandrin blev bedt om at genoprette kirken til sin tidligere pragt.
Kirkens ydre er defineret af dets robuste klokketårn, et af de ældste i hele Frankrig. Yderligere to tårne bygget på begge sider af transeptet overlevede ikke revolutionens æra. Interiøret viser en blanding af forskellige arkitektoniske stilarter, et resultat af fortsat konstruktion gennem århundrederne. Originale søjler fra det sjette århundrede understøtter koret fra det tolvte århundrede; romanske buer er kombineret med gotisk hvælving, og der er endda barokke elementer. Der er flere interessante grave i kirkekapellerne, herunder filosofen ren Kristian Descartes og Johannes II Casimir Vasa, som var konge af Polen i det syttende århundrede, indtil han blev abbed for klosteret Saint-Germain-des-pr.
Saint-Germain-des-pr Kirken gav sit navn til kvartalet af Saint-Germain-des-pr Krists, et livligt område i det sjette distrikt, der fik sit ry som et litterært distrikt i det tyvende århundrede, da forfattere, intellektuelle og filosoffer mødtes på en af dens mange cafekrists. Filosoffen Jean Paul Sartre og Simone De Beauvoir mødtes ofte på cafeen, og Ernest var en hyppig gæst på Magoterne.
