Kyrkan har haft en tumultartad historia. År 512 e. Kr. övertygade Saint Germain, som senare skulle bli biskop av Paris, den merovingiska kungen Childebert att bygga ett kloster med en kyrka. Kyrkan, som innehöll viktiga reliker, var tillägnad Saint Vincent och Heliga Korset. Det var en av de viktigaste kyrkorna i Frankrike och den sista viloplatsen för de merovingiska kungarna. Dess tak var guldmålat, vilket ledde till namnet 'Saint-Germain-le-Dor (förgylld Saint Germain). Under nionde århundradet plundrades kyrkan flera gånger av vikingarna och förstördes slutligen av eld. Omkring år 1000 började återuppbyggnaden av kyrkan, och den invigdes så småningom 1163. Under senmedeltiden uppfördes ett antal ytterligare byggnader vid Benediktinerklosterkomplexet, som växte till en av de största och viktigaste i hela Frankrike.
Under den franska revolutionen undertrycktes de religiösa orden och klostret användes som ett lager. En stor explosion av pistolpulver som lagrades i matsalen förstörde nästan hela komplexet och skadade kyrkan allvarligt.
Kyrkan idag Kyrkans nuvarande utseende är resultatet av en renovering på artonhundratalet, då arkitekten Victor Baltard och målaren Jean-Hippolyte Flandrin ombads att återställa kyrkan till sin tidigare prakt.
Kyrkans utsida definieras av dess robusta klocktorn, ett av de äldsta i hela Frankrike. Ytterligare två torn byggda på vardera sidan av transeptet överlevde inte revolutionstiden. Interiören visar en blandning av olika arkitektoniska stilar, ett resultat av fortsatt konstruktion genom århundradena. Ursprungliga sjätte århundradet pelare stöder tolfte århundradet kören; romanska bågar kombineras med gotisk valv, och det finns även barockelement. Det finns flera intressanta gravar i Kapellen i kyrkan, inklusive de av filosofen ren kg Descartes och Johannes II Casimir Vasa, som var kung av Polen på sjuttonhundratalet tills han blev abbot i klostret Saint-Germain-des-pr-BtVS.
Saint-Germain-des-pr Kyrkan gav sitt namn till Quarter of Saint-Germain-des-pr, ett livligt område i det sjätte distriktet som fick sitt rykte som ett litterärt distrikt under det tjugonde århundradet när författare, intellektuella och filosofer träffades på en av dess många caf-6: or. Filosofen Jean Paul Sartre och Simone De Beauvoir träffades ofta på 'Caf 6 De Flore' och Ernest Hemingway var en frekvent gäst på 'Les Deux Magots'.
