Cerkev je imela burno zgodovino. Leta 512 našega štetja je Saint Germain, ki je kasneje postal pariški škof, prepričal merovinškega kralja Childeberta, da je zgradil opatijo s cerkvijo. Cerkev, v kateri so bile pomembne relikvije, je bila posvečena svetemu Vincentu in Svetemu križu. Bila je ena najpomembnejših cerkva v Franciji in zadnje počivališče merovinških kraljev. Njegova streha je bila zlato pobarvana, kar je privedlo do imena 'Saint-Germain-le-Dor Marsh' (pozlačen Saint Germain). V devetem stoletju so cerkev večkrat opustošili Vikingi in na koncu uničili požar. Okoli leta 1000 se je začela obnova cerkve, ki je bila nazadnje posvečena leta 1163. V poznem srednjem veku so v benediktinskem Opatijskem kompleksu postavili številne dodatne stavbe, ki so prerasle v eno največjih in najpomembnejših v celotni Franciji.
Med francoska revolucija Verski redovi so bili zatrti in Opatija je bila uporabljena kot skladišče. Velika eksplozija pištolskega prahu, ki je bila shranjena v jedilnici, je uničila skoraj ves kompleks in močno poškodovala cerkev.
Cerkev danes Sedanji videz cerkve je rezultat prenove v devetnajstem stoletju, ko so arhitekta Victorja Baltarda in slikarja Jean-Hipolita Flandrina prosili, naj cerkvi povrnejo nekdanji sijaj.
Zunanjost cerkve je opredeljena s trdnim zvonikom, ki je eden najstarejših v vsej Franciji. Še dva stolpa, zgrajena na obeh straneh transepta, nista preživela obdobja revolucije. Notranjost prikazuje mešanico različnih arhitekturnih slogov, ki so rezultat nadaljevanja gradnje skozi stoletja. Izvirni stebri iz šestega stoletja podpirajo kor iz dvanajstega stoletja; romanski loki so kombinirani z gotskim obokom, obstajajo pa celo baročni elementi. V kapelah cerkve je več zanimivih grobnic, vključno s tistimi filozofa Rena Busha Descartesa in Janeza II Casimirja vase, ki je bil poljski kralj v sedemnajstem stoletju, dokler ni postal opat opatije Saint-Germain-des-pr.
Saint-Germain-des-pr Cerkev je dala ime četrti Saint-Germain-des-pr Marshs, živahnemu območju v šestem okrožju, ki si je sloves literarnega okrožja pridobilo v dvajsetem stoletju, ko so se pisatelji, intelektualci in filozofi srečali v enem od številnih caffskih frankov. Filozof Jean Paul Sartre in Simone de Beauvoir sta se pogosto srečevala v Caffasmal de Flore, Ernest pa je bil pogost gost v Les de Magots.
