Církev má za sebou bouřlivou historii. V roce 512 NL Saint Germain, který se později stal pařížským biskupem, přesvědčil Merovingovského krále Childeberta, aby postavil opatství s kostelem. Kostel, který držel důležité památky, byl zasvěcen svatému Vincentovi a svatému kříži. Byl to jeden z nejdůležitějších kostelů ve Francii a místo posledního odpočinku Merovingovských králů. Jeho střecha byla zlacená, což vedlo k názvu " Saint-Germain-le-Doré "(zlacený Saint Germain). V devátém století byl kostel několikrát vypleněn Vikingy a nakonec zničen ohněm. Kolem roku 1000 byla zahájena rekonstrukce kostela a nakonec byl zasvěcen v roce 1163. Během pozdního středověku byla v komplexu benediktinského opatství postavena řada dalších budov, který se stal jedním z největších a nejdůležitějších v celé Francii.
Během francouzské revoluce byly náboženské řády potlačeny a opatství bylo používáno jako sklad. Velký výbuch střelného prachu, který byl uložen v refektáři, zničil téměř celý komplex a vážně poškodil kostel.
Církev dnes Současný vzhled kostela je výsledkem rekonstrukce v devatenáctém století, kdy Architekt Victor Baltard a malíř Jean-Hippolyte Flandrin byli požádáni, aby obnovili Kostel do jeho bývalé nádhery.
Exteriér kostela je definován robustní zvonicí, jednou z nejstarších v celé Francii. Dvě další věže postavené na obou stranách transeptu nepřežily revoluční éru. Interiér ukazuje směs různých architektonických stylů, v důsledku pokračující výstavby v průběhu staletí. Původní pilíře ze šestého století podporují sbor z dvanáctého století; románské oblouky jsou kombinovány s gotickou klenbou a existují dokonce barokní prvky. V kaplích kostela je několik zajímavých hrobek, včetně hrobek filozofa René Descartes a Jana II Casimira Vasy, který byl polským králem v sedmnáctém století, dokud se nestal opatem Opatství Saint-Germain-des-Prés.
Čtvrti Saint-Germain-des-Prés Kostel dal své jméno čtvrti Saint-Germain-des-Prés, živé oblasti v šestém okrese, která si získala pověst literární čtvrti ve dvacátém století, kdy se spisovatelé, intelektuálové a filozofové setkali v jedné z mnoha kaváren. Filozof Jean Paul Sartre a Simone de Beauvoir se často setkávali v Café De Flore a Ernest Hemingway byl častým hostem Les Deux Magots.
