Crkva je imala burnu prošlost. 512. godine, Saint Germain, koji je kasnije postao biskup Pariza, uvjerio je Merovinškog kralja Childeberta da izgradi opatiju sa crkvom. Crkva, koja je držala važne relikvije, bila je posvećena Svetom Vincentu i svetom krstu. Bila je to jedna od najvažnijih crkava u Francuskoj i posljednje počivalište merovinških kraljeva. Njegov krov je bio oslikan zlatom, što je dovelo do imena 'Saint-Germain-le-Doré' (pozlaćeni Saint Germain). U devetom veku, crkva je nekoliko puta opljačkana od strane Vikinga i na kraju uništena vatrom. Oko 1000. godine započela je rekonstrukcija crkve, a na kraju je posvećena 1163.godine. Tokom kasnog srednjeg vijeka u benediktinskom Opatijskom kompleksu podignut je niz dodatnih zgrada koje su prerasle u jednu od najvećih i najvažnijih u cijeloj Francuskoj.
Tokom Francuske revolucije vjerski redovi su potisnuti, a Opatija je korištena kao skladište. Velika eksplozija baruta koji je bio pohranjen u trpezariji uništila je gotovo cijeli kompleks i teško oštetila crkvu.
Crkva danas Trenutni izgled crkve rezultat je obnove u devetnaestom stoljeću, kada su arhitekta Victor Baltard i slikar Jean-Hipolyte Flandrin zamoljeni da crkvu vrate u svoj nekadašnji sjaj.
Eksterijer crkve definisan je čvrstim zvonikom, jednim od najstarijih u cijeloj Francuskoj. Još dve kule izgrađene sa obe strane transept-a nisu preživele doba revolucije. Unutrašnjost pokazuje mješavinu različitih arhitektonskih stilova, rezultat kontinuirane gradnje tokom vijekova. Originalni stubovi šestog veka podržavaju hor dvanaestog veka; romanički lukovi su kombinovani sa gotskim vaultingom, a postoje čak i barokni elementi. U kapelima crkve postoji nekoliko zanimljivih grobnica, uključujući i one filozofa Renéa Descartesa i Ivana II Casimira Vasa, koji je bio kralj Poljske u sedamnaestom veku dok nije postao iguman opatije Saint-Germain-des-Prés.
Saint-Germain-des-Prés Quarter Crkva je dala ime četvrtini Saint-Germain-des-Prés, živo područje u šestom okrugu koje je steklo reputaciju književnog okruga u dvadesetom veku kada su se pisci, intelektualci i filozofi upoznali u jednom od njegovih brojnih kafića. Filozof Jean Paul Sartre i Simone de Beauvoir često su se sastajali u 'Café de Flore' i Ernest Hemingway bio je čest gost u 'Les Deux Magots'.
