Kilisenin çalkantılı bir tarihi vardı. MS 512'de daha sonra Paris piskoposu olacak olan Saint Germain, Meroving kralı Childebert'i kiliseli bir manastır inşa etmeye ikna etti. Önemli kalıntılara ev sahipliği yapan kilise, Saint Vincent ve kutsal Haç'a adanmıştır. Fransa'daki en önemli kiliselerden biriydi ve Meroving krallarının son dinlenme yeriydi. Çatısı altın boyalıydı ve bu da 'Saint-Germain-le-Doré' (yaldızlı Saint Germain) ismine yol açtı. Dokuzuncu yüzyılda, kilise Vikingler tarafından birkaç kez yağmalandı ve sonunda ateşle tahrip edildi. 1000 Yılı civarında kilisenin yeniden inşası başladı ve sonunda 1163'te adandı. Orta Çağ'ın sonlarında, Fransa'nın en büyük ve en önemlilerinden biri haline gelen Benedictine manastırı kompleksinde bir dizi ek bina inşa edildi.
Fransız Devrimi sırasında dini emirler bastırıldı ve manastır depo olarak kullanıldı. Yemekhanede depolanan büyük bir silah tozu patlaması neredeyse tüm kompleksi tahrip etti ve kiliseye ciddi şekilde zarar verdi.
Bugün Kilise Kilisenin şu anki görünümü, mimar Victor Baltard ve ressam Jean-Hippolyte Flandrin'in kiliseyi eski ihtişamına kavuşturması istendiğinde on dokuzuncu yüzyılda yapılan bir tadilatın sonucudur.
Kilisenin dış cephesi, Fransa'nın en eskilerinden biri olan sağlam çan kulesi ile tanımlanmaktadır. Transept'in her iki tarafına inşa edilen iki kule daha devrim döneminden kurtulamadı. İç mekan, yüzyıllar boyunca devam eden inşaatın bir sonucu olarak farklı mimari tarzların bir karışımını göstermektedir. Orijinal altıncı yüzyıl sütunları onikinci yüzyıl korosunu desteklemektedir; Romanesk kemerler Gotik tonozlarla birleştirilmiştir ve hatta Barok unsurlar da vardır. Kilisenin şapellerinde, filozof René Descartes ve on yedinci yüzyılda Polonya kralı olan ve Saint-Germain-des-Prés Manastırı'nın başrahibi olana kadar John II Casimir Vasa'nınki de dahil olmak üzere birçok ilginç mezar bulunmaktadır.
Saint-Germain-des-Prés Mahallesi Kilise adını, yirminci yüzyılda yazarların, aydınların ve filozofların birçok kafesinden birinde buluştuğu edebi bir semt olarak ün kazanan altıncı semtteki hareketli bir semt olan Saint-Germain-des-Prés'in mahallesine vermiştir. Filozof Jean Paul Sartre ve Simone de Beauvoir sık sık 'Café de Flore'da buluştu ve Ernest Hemingway 'Les Deux Magots'a sık sık konuk oldu.
