La iglesia y el convento de San Damián se encuentran en las afueras del centro de Asís. El complejo fue originalmente un priorato benedictino, del que se tiene constancia en el año 1030. Se llega a la iglesia a través de una capilla: a la derecha se encuentra la Virgen con el Niño, con los Ss. Francisco, Clara, Bernardino y Jerónimo, un fresco de un pintor local de mediados del siglo XIV. La iglesia es de una sola nave, con bóvedas de cañón ojival y un coro profundo. Inmediatamente a la derecha de la entrada se encuentra la ventana desde la que San Francisco arrojó el dinero rechazado por el cura de San Damián para la restauración de la iglesia. A lo largo de las paredes se pueden ver los restos de yeso, bordeados de marcos policromados, preparados para frescos que nunca se hicieron. En la capilla añadida en 1535 hay un Crucifijo de madera (la expresión del rostro de Cristo cambia según el punto de vista), tallado por Fra Innocenzo da Palermo en 1637. En el altar mayor se encuentra una copia del Crucifijo que habló a San Francisco (el original se conserva en la Basílica de Santa Chiara). El coro de madera de 1504 cubre en parte una pequeña ventana a través de la cual se comunicaban las clarisas y delante de la cual se llevó el cuerpo de San Francisco desde la Porciúncula hasta Asís. Entrando en el vestíbulo de la derecha, bajo el cual fueron enterrados cuatro compañeros de Santa Clara, se llega a la sacristía. A la izquierda hay un sencillo coro en el que también se encuentra el atril de Santa Clara. En el altar está la Crucifixión, un fresco de Pier Antonio Mezzastris de 1482. A la izquierda se ve una pequeña cámara donde, según la tradición, Francisco se refugió de su padre. Volviendo al vestíbulo, se suben unos escalones, saliendo a la derecha por el Giardinetto di Santa Chiara (jardín de Santa Clara), una pequeña terraza con vistas a la llanura de abajo. En cambio, bajando al claustro, se pueden admirar en las dos paredes de las esquinas, frescos de Eusebio da San Giorgio (1507), San Francisco recibiendo los estigmas y la Anunciación. A continuación, se llega al refectorio rectangular, de techos bajos, similar a una cripta, con sus bancos y mesas originales: una cruz y un jarrón de flores señalan el lugar que ocupó Santa Clara.