Biserica și mănăstirea San Damiano se află chiar în afara centrului orașului Assisi. Complexul a fost inițial o prioritate benedictină, ale cărei înregistrări datează din 1030.
Ajungeți la biserică printr-o capelă: în dreapta veți găsi Madonna și Pruncul, cu Ss. Francis, Clare, Bernardino și Jerome, o frescă a unui pictor local de la mijlocul secolului al XIV-lea.
Biserica are un singur naos, cu bolți de butoi ogival și un cor adânc. Imediat în dreapta intrării se află fereastra din care Sfântul Francisc a aruncat banii refuzați de preotul din San Damiano pentru restaurarea bisericii. De-a lungul pereților puteți vedea rămășițele de tencuială, mărginite cu rame policrome, pregătite pentru fresce care nu au fost niciodată făcute. În capela care a fost adăugată în 1535 se află un Crucifix din lemn (expresia de pe fața lui Hristos se schimbă în funcție de punctul de vedere), sculptat de Fra Innocenzo da Palermo în 1637. La altarul principal se află o copie a crucifixului care a vorbit cu Sfântul Francisc (originalul este păstrat în Bazilica Santa Chiara). Corul de lemn din 1504 acoperă parțial o fereastră mică prin care comunicau Clarele sărace și în fața căreia trupul sfântului Francisc a fost transportat de la Porziuncola la Assisi.
Intrând în vestibulul din dreapta, sub care au fost îngropați patru dintre tovarășii Sfintei Clare, ajungeți la sacristie. În stânga este un cor simplu, unde veți găsi și pupitrul Sfintei Clare. La altar se află Răstignirea, o frescă de Pier Antonio Mezzastris din 1482. În stânga puteți vedea o mică cameră în care, afirmă tradiția, Francisc s-a refugiat de tatăl său.
Revenind la vestibul, urcați câțiva pași, plecând spre dreapta prin Giardinetto di Santa Chiara (grădina Sfintei Clare), o mică terasă cu vedere la câmpia de dedesubt.
În schimb, coborând în mănăstire, puteți admira pe cei doi pereți de colț, fresce de Eusebio Da San Giorgio (1507), Sfântul Francisc primind stigmatele și Buna Vestire. Apoi ajungeți la refectorul dreptunghiular, cu tavane joase, asemănătoare unei cripte, cu băncile și mesele sale originale: o cruce și o vază de flori marchează locul ocupat odată de Sfânta Clare.
