San Francesco del Deserto je majhen in miren otok v Beneški laguni, ki se nahaja med otokoma Burano in otokom Sant'Erasmo.
Otok San Francesco je dom frančiškanskega samostana (manjši bratje), ustanovljenega leta 1230. Obdan je s peščenimi nasipi, po obodu pa ga ovijajo ciprese in borovci.
V antiki se je otok San Francesco del Deserto imenoval Isola delle Due Vigne in je bil v lasti beneškega plemiča Jacopa Michiela.
Rečeno je, da je leta 1220 San Francesco d'Assisi ostal tam na umiku za kratek čas, ko se je vrnil z vzhoda in iz pete križarske vojne (ne zaradi boja, ampak da bi se mirno srečal z Malek-el-Kamelom, egiptovskim sultanom).
Takrat je na otoku že obstajala majhna bizantinska cerkev, kjer se je sveti Frančišek ustavil, da bi premišljeval in molil s patrom iluminatom da Rietijem, svojim popotnim sopotnikom.
Leta 1233 je Jacopo Michiel podaril otok frančiškanskemu redu in od tega trenutka se je "Isola delle Due Vigne" preimenovala v "Isola di San Francesco".
Zaradi bolezni in nadlog, kot je malarija, ki so se razširile na teh močvirnatih območjih, je bil leta 400 otok za kratek čas opuščen: ob tej priložnosti je bila pripona "del Deserto" (puščava) uporabljena za njegovo ime in ga preimenovali v otok San Francesco del Deserto.
Od leta 400 dalje je San Francesco del Deserto vedno upravljal frančiškanski red, z izjemo zgodnjega devetnajstega stoletja (1808), ko so Napoleonove čete otok spremenile v skladišče in ognjišče.
Leta 1858 je bil otok po zaslugi padra Bernardina da Portogruaro predan beneški škofiji, kar je menihom omogočilo ponovno ustanovitev samostana, ki še danes deluje.
Otok je dostopen samo z zasebnim prevozom ali taksijem in lahko ga obiščete in tam ostanete nekaj dni v umiku po dogovoru z menihi, ki tam živijo.
