San Francesco del Deserto è una piccola e tranquilla isola della Laguna di Venezia, situata tra l'isola di Burano e l'isola di Sant'Erasmo.
L'isola di San Francesco ospita un monastero francescano (frati minori) fondato nel 1230. È circondata da banchi di sabbia ed è avvolta lungo il suo perimetro da cipressi e pini.
Anticamente l'isola di San Francesco del Deserto si chiamava Isola delle Due Vigne ed era di proprietà del nobile veneziano Jacopo Michiel.
Si racconta che nel 1220 San Francesco d'Assisi vi soggiornò in ritiro per un breve periodo, di ritorno dall'Oriente e dalla Quinta Crociata (non per combattere, ma per incontrare pacificamente Malek-el-Kamel, il sultano d'Egitto).
A quel tempo, sull'isola esisteva già una piccola chiesa bizantina dove San Francesco si fermò a riflettere e pregare con Frate Illuminato da Rieti, suo compagno di viaggio.
Nel 1233 Jacopo Michiel donò l'isola all'Ordine Francescano e da quel momento l'Isola delle Due Vigne fu ribattezzata "Isola di San Francesco".
A causa di malattie e pestilenze come la malaria, che si diffondevano in queste zone paludose, nel '400 l'isola fu abbandonata per un breve periodo: fu in questa occasione che al suo nome fu applicato il suffisso "del Deserto", ribattezzandola in Isola di San Francesco del Deserto.
Dal '400 in poi San Francesco del Deserto è sempre stata amministrata dall'Ordine dei Francescani, ad eccezione dei primi anni dell'Ottocento (1808) quando le truppe napoleoniche trasformarono l'isola in un magazzino e in una polveriera.
Nel 1858, per opera di Padre Bernardino da Portogruaro, l'isola fu ceduta alla Diocesi di Venezia, che permise ai frati di rifondare il monastero, ancora oggi attivo.
L'isola è raggiungibile solo con mezzi privati o taxi ed è possibile visitarla e soggiornarvi per qualche giorno in ritiro previo accordo con i monaci che vi abitano.
