A Chiesa di San Francesco-t a 200-as évek közepén alapította San Francesco, aki ezekben az években Massa Marittimában maradt, hogy elősegítse a rend első magjának kialakulását. A kolostorhoz csatolt templom szerkezete rendkívül egyszerű, gótikus stílusban, egyetlen hajóval és ogival tartóívekkel, és eredetileg a városfalon belül helyezkedett el. A külsőt nagy hegyes ablakok jellemezték. A templom számos felújításon ment keresztül, elsősorban a földrengések miatti süllyedés miatt, a hajó 1529-ben, a XVIII.és XIX. században pedig többször is csökkent. Ma az eredeti szerkezetből csak az apszis egy része és a hajó egy része maradt meg, míg belül található Bindoccio sírja, Margherita Aldobrandeschi és Nello Pannochieschi fia (a PIA Dei Tolomei első házasságából házasodtak össze). Raphael Vanni néhány tizenhetedik századi festménye A három oltár közelében található.
