San Francesco del Deserto és una illa petita i tranquil·la a la llacuna de Venècia, situada entre l'illa de Burano i l'illa de Sant'Erasmo.
L'illa de San Francesco és la llar d'un monestir franciscà (Frares Menors) fundat l'any 1230. Està envoltada de bancs de sorra i està envoltada al voltant del seu perímetre per xiprers i pins.
Antigament l'illa de San Francesco del Deserto, s'anomenava Isola delle Due Vigne i era propietat del noble venecià Jacopo Michiel.
Es diu que l'any 1220 Sant Francesc d'Assís s'hi va quedar en retirada durant un breu temps, tornant d'Orient i de la Cinquena Croada (no per lluitar, sinó per trobar-se pacíficament Malek-el-Kamel, el sultà d'Egipte).
Aleshores, a l'illa ja hi havia una petita església bizantina on Sant Francesc s'aturava a reflexionar i pregar amb Fra Illuminato da Rieti, el seu company de viatge.
L'any 1233 Jacopo Michiel donà l'illa a l'orde franciscà i des d'aquest moment l'"Isola delle Due Vigne" va passar a anomenar-se "Isola di San Francesco".
A causa de malalties i plagues com la malària, que es van estendre per aquestes zones pantanosas, l'any 400 l'illa va ser abandonada per un breu període: va ser en aquesta ocasió que es va aplicar el sufix "del Desert" (del desert) al seu nom, rebatejant-lo a Illa de San Francesco del Desert.
A partir del '400 Sant Francesc del Desert sempre ha estat administrat per l'orde dels franciscans, amb l'excepció de principis del segle XIX (1808) quan les tropes de Napoleó van transformar l'illa en magatzem i caixó.
L'any 1858, gràcies a l'obra del Pare Bernardino da Portogruaro, l'illa va ser donada a la Diòcesi de Venècia, la qual cosa va permetre als monjos refundar el monestir, encara avui actiu.
L'illa només és accessible amb transport privat o taxi i es pot visitar i romandre-hi uns dies en retir després d'arribar a un acord amb els monjos que hi viuen.
