Santa Maria la Nova Kilisesi'nin tarihi ilk manastır hareketleriyle bağlantılıdır. Napoli'deki ilk Fransisken cemaati (1216) bir Roma villasının kalıntıları üzerine yerleşmiş ve daha sonra Castel Nuovo'nun yükseleceği yerde Santa Maria ad Palatium'u kurmuştur. Anjou'lu I. Carius bölgeye el koyup Fransiskenlere yeni manastırı inşa etmeleri için başka bir toprak parçası verdiğinde, şimdiki alan inşa edildi ve Santa Maria La Nova adını aldı (1279).Binanın bugünkü görünümü, Giovanni Cola di Franco (1596-1599) tarafından yeniden inşa edilen 16. yüzyıla aittir. Çeşitli zamanlarda zenginleştirilen iç mekanda, San Gregorio Armeno'dan sonra ahşap, oyma ve yaldızlı marangozluğun bir başka örneği olan ve 1598'den 1603'e kadar boyanmış kırk altı panelin gömülü olduğu tavan hakimdir. Ayrıca ön cepheden görülebilen San Giacomo della Marca şapeli, Massimo Stanzione tarafından Aziz'in hayatından sahnelerle fresklenmiştir (yaklaşık 1644-1646).Manastırın bir yemekhanesi ve iki dehlizi vardır; bunlardan küçük olanı 17. yüzyılın ilk yarısında grotesk motifler ve Martesli Aziz James'in hayatından sahnelerle fresklenmiştir.
