Sur la zone où s'élèvent aujourd'hui la basilique de Santa Maria sopra Minerva et le monastère attenant, se dressaient trois temples de la Rome antique : le Minervium, d'origine domitienne, érigé en l'honneur de Minerva Chalkidiki, l'Isèum dédié à Isis et le Serapèum dédié à Serapis.
Précisément sur les ruines de l'ancien Fanum Minervae (dédié par Gnaeus Pompeius à Minerva Chalcidica, dont la statue se trouve aujourd'hui au Vatican), un petit oratoire dédié à la Vierge a été construit au VIIIe siècle, immédiatement nommé Minervum, qui a été donné par le pape Zacharias aux religieuses basiliens qui avaient fui Constantinople en raison de la persécution des iconoclastes. Il est très probable que ce bâtiment de culte primitif était situé au bras gauche du transept de ce qui sera, cinq siècles plus tard, la grande église dominicaine. En 1280, comme en témoigne une lettre datée du 24 juin du pape Nicolas III aux sénateurs Giovanni Colonna et Pandolfo Savelli, la construction de la grandiose église gothique à trois nefs a commencé, probablement selon le projet des dominicains Fra Sisto Fiorentino et Fra Ristoro da Campi (les mêmes qui ont construit Santa Maria Novella à Florence). Au cours des années suivantes, le pape Boniface VIII a également encouragé le projet, en faisant don d'une importante somme d'argent en 1295, suivi par de nombreux fidèles avec leurs legs testamentaires. La seconde moitié du XVIe siècle marque le début d'une grande expansion et d'une transformation de l'ensemble du complexe minervitain, devenu entre-temps le siège des hautes hiérarchies de l'ordre. Au XVIIe siècle, suite à la reconstruction des chapelles du transept, à la construction ou à la reconstruction des chapelles latérales et à la réduction des arcs de la nef à des arcs en plein cintre au moyen de superstructures en bois et de stucs, l'église prend un aspect principalement baroque et de nombreuses familles nobles encouragent la rénovation de leurs chapelles en commandant des œuvres à Bernini, Baciccia, Rainaldi et à d'autres représentants importants du baroque romain.
Il convient de mentionner que le 11 juillet 1667, le monument du petit éléphant, conçu par le Bernin et exécuté par Ercole Ferrata, a été érigé sur la place devant l'église. Il est immédiatement devenu le symbole caractéristique de la Piazza della Minerva et fait désormais partie intégrante de la vue d'ensemble de l'église.
Comme nous l'avons déjà mentionné, au XVIIIe siècle, à la demande de Benoît XIII et sur les plans des architectes Raguzzini et Marchionni, la façade a été décorée et le caractère baroque de l'ensemble du bâtiment a été accentué.
En 1808, avec l'occupation napoléonienne de la ville et la suppression des corporations religieuses, plus de deux mille soldats se cantonnèrent dans le couvent, de sorte que lorsque les dominicains revinrent à leur siège en 1814, ils durent entreprendre une série de travaux pour réparer les dégâts causés par les troupes, et c'est dans ce climat que mûrit l'idée d'une restauration complète de l'église.
À partir du 2 janvier 1824, l'architecte dominicain Fra' Girolamo Bianchedi ramena l'édifice à des lignes plus essentielles, éliminant les échafaudages baroques des arcs latéraux et déplaçant les nombreuses tombes qui l'encombraient de la grande nef centrale vers les nefs latérales ; le temple fut rouvert au culte le 3 août 1855, pour célébrer la fête du patriarche saint Dominique. Malgré les événements historiques tortueux, dont le bâtiment porte encore des signes visibles, la basilique est le seul exemple d'une église gothique médiévale dans la ville de Rome. Santa Maria sopra Minerva contient de nombreuses œuvres d'art. Le tombeau de Sainte Catherine de Sienne est magnifique. Il a été magistralement restauré lors du Jubilé de l'an 2000, lorsque la sculpture a été débarrassée des peintures à l'huile qui l'avaient transformée en statue de cire au XIXe siècle et a retrouvé le marbre blanc du XVe siècle, par le plus illustre des artistes dominicains, le peintre Fra' Giovanni da Fiesole, dit Beato Angelico, L'église conserve également de nombreuses œuvres d'art : le "Christ ressuscité" de Michel-Ange, daté de 1519-1520, et la chapelle Carafa, un chef-d'œuvre de Filippino Lippi, qui a donné le meilleur de son grand art aux fresques des murs et au magnifique retable ; Derrière la sacristie se trouve l'étonnante "chambre de Sainte Catherine", reconstruite en 1637 avec les mêmes murs que la chambre où elle est morte dans la Via di S. Chiara, avec des fresques très endommagées de l'école d'Antoniazzo Romano. La chapelle Carafa, construite et splendidement décorée entre 1489 et 1492 par le cardinal napolitain Oliviero Carafa en l'honneur de saint Thomas d'Aquin, mérite d'être mentionnée. Sur les murs intérieurs se trouve le splendide cycle de fresques de Filippino Lippi, qui a été récemment restauré et qui est considéré comme l'un des plus riches complexes picturaux de la fin du XVe siècle à Rome.
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