La partie la plus importante du couvent et de l'église des Capucins est la crypte située en dessous, qui a d'ailleurs rendu célèbre la ville de Savoca. Elle a été construite en dessous de l'église et de la petite place qui la surplombe au début du 17e siècle. A l'intérieur se trouvent 37 momies. Le premier remonte à 1776, celui du noble Pietro Salvadore, et le dernier à 1876, celui de Giuseppe Trischitta. Comme au couvent des Capucins de Palerme, les momies appartiennent à l'aristocratie savocaine, comme de nobles patriciens, des avocats, des prêtres, des moines, des abbés, des médecins, des poètes, des magistrats et trois enfants. Alors que les momies, à la fin du processus d'embaumement, sont revêtues d'élégantes robes, dans les niches et les cercueils qui les contiennent, apparaît, presque comme une photographie, une petite ville du passé : la Savoca d'antan. Sur les 37 momies, 17 sont exposées le long d'un mur de la crypte, contenues dans des niches, les autres sont conservées dans des urnes et des cercueils, également au sous-sol. Il y a également un autel, probablement destiné à la célébration des messes du suffrage. Il fallait environ soixante jours pour "produire" une momie et le processus de momification était similaire dans presque toute la Sicile. Il s'agissait d'une méthode connue sous le nom de séchage naturel. Le cadavre a d'abord été soumis à un bain de deux jours dans une dilution de sel et de vinaigre. Après avoir attendu que les viscères s'égouttent, ils ont été transportés dans la crypte, où un séchage "naturel" a eu lieu grâce aux courants d'air de l'environnement. Une fois la momie obtenue, elle a été habillée de ses vêtements et exposée solennellement à l'intérieur de la crypte.
La présence à Savoca même (et dans le reste de la Sicile, comme nous le verrons) d'autres cryptes et d'autres momies, comme dans l'église mère de Santa Maria in Cielo Assunta, construite en 1130 et aujourd'hui monument national italien, à l'intérieur de laquelle sont conservés d'autres corps de notables de la ville, montre que la momification était devenue une sorte de mode dans la Sicile du XIXe siècle. En 1998, lors des travaux de restauration de l'église de l'Immaculée Conception, qui était tombée en ruine (pour être utilisée comme centre philharmonique municipal), l'ancienne crypte, où étaient enterrés les frères du couvent des frères mineurs franciscains et les habitants, eux-mêmes, du quartier de San Rocco, a été découverte sous le sol du temple.
