Den viktigaste delen av kapucinerklostret och -kyrkan är kryptan nedanför, som dessutom har gjort staden Savoca berömd. Den byggdes under kyrkan och det lilla torget i början av 1600-talet. Inuti finns 37 mumier. Den första är från 1776, den som tillhörde adelsmannen Pietro Salvadore, och den sista från 1876, den som tillhörde Giuseppe Trischitta. Liksom i kapucinkonventet i Palermo tillhör mumierna Savoca-aristokratin, såsom ädla patricier, advokater, präster, munkar, abbotar, doktorer, poeter, domare och tre barn. När mumierna i slutet av balsameringen kläddes i eleganta kläder, i nischerna och kistorna som innehåller dem, syns nästan som ett fotografi en liten stad från det förflutna: Savoca från förr. Av de 37 mumierna finns 17 längs en vägg i kryptan i nischer, medan de övriga förvaras i urnor och kistor, också i källaren. Det finns också ett altare, troligen för firandet av rösträttsmässor. Det tog ungefär sextio dagar att "producera" en mumie och mumifieringsprocessen var likartad i nästan hela Sicilien. Det var en metod som kallas naturlig torkning. Liket badades först i två dagar i en utspädning av salt och ättika. Efter att ha väntat på att inälvorna skulle dräneras fördes de till kryptan, där en "naturlig" torkning ägde rum tack vare luftströmmarna i miljön. När mumien väl hade hittats kläddes den i sina kläder och visades högtidligt upp i kryptan.
Att mumifiering hade blivit något av ett mode på 1800-talets Sicilien framgår av att det i Savoca (och i resten av Sicilien, som vi kommer att se) finns andra kryptor och andra mumier, till exempel i moderkyrkan Santa Maria in Cielo Assunta, som byggdes 1130 och som nu är ett italienskt nationalmonument, där andra lik av stadens notabla personer finns bevarade. 1998, under restaureringen av den obefläckade avlelsens kyrka, som hade förfallit (för att användas som kommunalt filharmoniskt center), upptäckte man under templets golv den gamla kryptan där bröderna från klostret för mindre franciskanerbröder och invånarna i San Rocco-distriktet själva begravdes.