De kapel heeft een zeer eenvoudige architectonische structuur: het is een enkel schip overdekt door een tongewelf, met een kleine apsis overdekt door een kruisgewelf. Het iconografische programma dat Giotto in deze ruimte heeft aangebracht, is hoofdzakelijk gebaseerd op verhalen uit het leven van de Maagd en Christus. Op de tegengevel (de binnenmuur waar het ingangsportaal uitkomt) is traditioneel het Laatste Oordeel afgebeeld. De verhalen, verdeeld in 39 scènes, zijn gerangschikt in drie overlappende banden. Een vierde band, op het laagste niveau, bevat allegorische voorstellingen van de Ondeugden en de Deugden.De frescocyclus in Padua komt chronologisch na de fresco's in de Bovenbasiliek in Assisi, en de relatie tussen de twee cycli is een van de meest controversiële punten in de hele Italiaanse kunstgeschiedenis. De stilistische discontinuïteit tussen de twee cycli is namelijk overduidelijk. Discontinuïteiten die gerechtvaardigd zijn als we bedenken dat de twee cycli verwijzen naar twee verschillende artistieke persoonlijkheden, terwijl ze minder gerechtvaardigd zijn als de twee cycli van dezelfde kunstenaar zijn. Dit is een van de redenen waarom de bovenste cyclus in Assisi misschien niet aan Giotto kan worden toegeschreven, hoewel zijn aanwezigheid op de plaats van Assisi niet kan worden uitgesloten. In de praktijk heeft Giotto door zijn aanwezigheid op de werf in Assisi, en vervolgens in de Romeinse rond 1298-1300, het meesterschap over driedimensionaliteit kunnen verwerven dat in de fresco's van Padua met grote kracht, maar toch met enige onzekerheid, tot uiting komt.In de praktijk verandert de relatie tussen figuren en ruimte op beslissende wijze tussen de twee frescocyclussen. In de fresco's van Assisi is de ruimte nauwkeurig gearticuleerd, vooral in de definitie van de vlakken waarin de figuren zich bevinden. Ook architectonische elementen doen hun intrede in de voorstellingen door de ruimte op een pertinente manier af te tasten: in de praktijk heeft elke figuur zijn eigen pertinente ruimte, zowel in de visuele ruimte van de voorstelling als in de hypothetische reële ruimte van waaruit de constructie van de afbeelding vertrekt. In de fresco's van Padua wordt de relatie tussen figuren en ruimte niet altijd overtuigend opgelost. En het is hier dat men de onzekerheid van Giotto opmerkt, die geen evolutie is maar een stap terug in vergelijking met de fresco's van Assisi. Dit is vooral merkbaar in bepaalde fresco's zoals de Geboorte van de Maagd, waarin het duidelijk is dat de binnenruimte van de woning helemaal niet kan overeenkomen met het volume van het huis. De naar buiten kijkende vrouw zit gecomprimeerd tussen de ruimte van het bed en die van de muur waarin de deur uitkomt: de constructie mist duidelijk 'ruimte'.Voor het overige zijn er veel stilistische overeenkomsten tussen de Scrovegni-kapel en de fresco's in de Bovenbasiliek in Assisi. Reden te meer om aan te nemen dat Giotto's taal in Assisi werd gevormd, in contact met de Romeinse school waaraan de fresco's van Sint Franciscus waarschijnlijk worden toegeschreven.Giotto's stijl, die in Padua al op een volleerde manier is georganiseerd, wordt echter gekenmerkt door andere componenten, die zeker het resultaat zijn van de individuele weg van de Florentijnse meester. Vooral in de fresco's van Padua valt een grotere zwaarte van de lichamen op. In de praktijk zijn de volumes veel ronder dankzij een kundig gebruik van clair-obscur, waarvan Giotto ongetwijfeld de absolute meester is. Maar dat is nog niet alles. De figuren hebben echt 'gewicht', in die zin dat ze niet in de lucht lijken te hangen, maar echt rusten op een aannemelijk draagvlak (vloer, grond of anderszins).In de fresco's van Padua kan men ook een onderzoek opmerken dat zeker nieuw was voor het artistieke landschap van die tijd: de weergave van de verkorting. In de middeleeuwse schilderkunst, en in het bijzonder in de Byzantijnse schilderkunst, zijn gezichten altijd frontaal of gedeeltelijk driekwart afgebeeld. In de fresco's van Assisi, evenals in andere voorbeelden van Italiaanse schilderkunst uit die tijd, is te zien dat de schilders zich wilden bevrijden van deze frontale verplichting, en worden figuren en gezichten ook afgebeeld in profiel of vanuit verschillende hoeken. Giotto gaat verder. Hij beperkt zich niet tot het profiel, maar neigt de gezichten door ze voor het eerst van onder naar boven af te beelden. Dit is bijvoorbeeld te zien in de hoofden van de slapende Romeinse soldaten bij het Graf van Christus. Dit is de eerste keer dat dit gebeurt, waarmee hij vooruitloopt op een techniek die in de Renaissance veel succes zal hebben.In de praktijk toont Giotto in de fresco's van Padua een groot meesterschap in de constructie en weergave van de menselijke figuur, niet zozeer in de constructie van de ruimte. En dit ondanks de uitoefening van grote virtuositeit van de 'coretti': de eerste trompe-l'oeil in de westerse schilderkunst. In deze twee panelen simuleert Giotto een ruimte die er niet is, waardoor een illusie van doorbreking van het fresco ontstaat die absoluut buitengewoon is. Maar de truc slaagt omdat de voorstelling geen figuren bevat, wat aantoont dat het probleem, dat we vervolgens in de hele 14e en 15e eeuwse gotische schilderkunst zullen zien terugkeren, juist bestaat uit het vermogen om de figuren en de architecturale of natuurlijke ruimte waarin de figuren optreden, in één visuele ruimte te integreren.Op de gevelwand schilderde Giotto een grandioos Laatste Oordeel, waarbij de tussenkomst van helpers waarschijnlijk massaal was. Het beeld heeft een compositie die geheel in lijn is met de traditie, maar één detail is ook hier beslist ongekend: onderaan staat Enrico Scrovegni op het punt de kapel aan de kerk te schenken. Het detail is niet ongekend als onderwerp, want het komt voor in andere werken, vooral verluchte, uit de romaanse en gotische periode: het is ongekend omdat niet een vorst of een paus, maar een bourgeois wordt afgebeeld. Dit, aan het begin van de 14e eeuw, geeft aan hoezeer de tijden ook in sociaal opzicht waren veranderd: de kunst is niet langer alleen de weergave van de koninklijke of religieuze macht, maar ook van de economische macht van de nieuwe industriële en koopmansklassen, die ontstaan in het scenario van de nieuwe stedelijke realiteit van die tijd.(Morante)