De kerk van San Giovanni grenst aan het stadhuis, aangezien het oorspronkelijk de kerk was die bij het benedictijnenklooster hoorde.De gevel heeft drie orden met een karakteristieke verticale golving die typerend is voor de kerken van de Val di Noto. In de tweede orde is er een smeedijzeren jaloezie die doet denken aan de balkons van de omliggende gebouwen. Het werk aan het huidige gebouw begon na 1760 en werd geleid door Alberto Maria di San Giovanni Battista, terwijl de ontwerpen worden toegeschreven aan Vincenzo Sinatra; in de 19e eeuw was er ook de tussenkomst van Salvatore Ali. Het interieur heeft een ovale vorm, maar de plattegrond van de kerk is een oefening in cirkels waarin het hoofdschip, de narthex en de apsis zich bevinden. De muren en het gewelf zijn versierd met rijk stucwerk van Giovanni Gianforma, terwijl het fresco op het gewelf San Benedetto uitbeeldt. Heel suggestief is het lichtspel dat ontstaat dankzij de bovenaan geplaatste gekleurde vensters. In de narthex reproduceren drie medaillons van Giuseppe Sesta drie stedelijke panorama's.In de kerk van San Giovanni wordt een van de belangrijkste schilderijen van de stad bewaard: de "Christus van Burgos", ook wel bekend als de Christus in een rok. Dit schilderij werd aan het klooster geschonken door de oprichter, Donna Giovanna Di Stefano. Na zorgvuldig onderzoek, dankzij de hulp van een kunsthistoricus van de Universiteit van Burgos, kon de auteur worden bevestigd: het schilderij is van Juan de Palazín, een schilder die actief was tussen het einde van de zeventiende en het begin van de achttiende eeuw. in de regio Medina del Campo.Het is een zeldzame voorstelling in Italië, maar zeer wijdverspreid in de Spaanse traditie. In feite is er een kopie van het schilderij dat momenteel wordt bewaard in de kluis van "Nuestra Señora del Amparo" in Medina del Campo, een sculptuur bewaard in de kathedraal van Burgos en andere doeken die vergelijkbaar zijn met die geïmporteerd in Sicilië, geschilderd door verschillende auteurs en aanwezig in heel Spanje.De kerk is nog steeds open voor aanbidding en herbergt de Addolorata di San Giovanni, een processie die herinnert aan Spaanse gebruiken en tradities, en is ook de thuisbasis van het oorlogsmonument. Deze heilige plaats combineert spiritualiteit, geschiedenis en tradities en vormt een belangrijk referentiepunt voor de lokale gemeenschap.