St.Peter 's werd gesticht in de late 7e eeuw door Amandus, een missionaris gestuurd door de Frankische koningen om de heidense inwoners van de regio te Christianiseren, die twee kloosters stichtten in het gebied, St. Bavo' s, en St. Peter ' s op de Blandijnberg. In de winter van 879-80 werd de abdij geplunderd en geplunderd door de Noormannen, en het bleef relatief arm tot in de 10e eeuw, toen donaties van bezittingen en relikwieën door graaf Arnulf I de abdij aanzienlijk verrijkten, net als andere donaties door Arnulf ' s neef koning Edgar van Engeland. In de tweede helft van de eeuw was het de rijkste Abdij van Vlaanderen, en de reputatie van de Abdijschool strekte zich tot ver buiten de stad uit.
In 984 vroeg Gerbert van Aurillac, directeur van de kathedraal school van Reims, (later Paus Sylvester II) of studenten uit Reims toegelaten konden worden tot de Sint-Pieter. St. Peter ' s, door zijn eigendom van grote stukken land, speelde ook een pioniersrol in de teelt tijdens de 12e en 13e eeuw, het transformeren van bossen, heide en moerassen in landbouwgrond. In de 15e eeuw werd door een grootschalig bouwprogramma de Abdijbibliotheek en het scriptorium gecreëerd, de refter uitgebreid en de abdijkerk en andere gebouwen aanzienlijk verfraaid.
De eerste neergang van Sint-Pieter begon na de Opstand van Gent in 1539, en in de jaren 1560 werden de Lage Landen in een religieuze crisis gestort die in 1566 resulteerde in een aanval door beeldenstormers waarbij de abdijkerk vernield werd, de bibliotheek geplunderd en andere gebouwen zwaar beschadigd werden. De ziekenboeg werd in dienst gesteld als tijdelijk onderkomen voor de monniken en de refter werd gebruikt als een plaats van aanbidding. In 1578 werden de abt en de monniken gedwongen naar Douai te vluchten. De abdijgebouwen werden op een openbare veiling verkocht en gedeeltelijk gesloopt, waarbij de materialen werden gebruikt om de stadsmuren te bouwen. De abdij kwam uiteindelijk terug in de handen van de kerk in 1584, en werd uiteindelijk herbouwd, met een nieuwe abdijkerk, begonnen in 1629, in de barokke stijl, evenals verschillende andere nieuwbouw en renovaties. In de 18e eeuw bloeide de abdij opnieuw, omdat er nieuwe gebouwen werden gebouwd en oudere gebouwen werden uitgebreid, waaronder de verbouwing van de oude slaapzaal tot een bibliotheek met meer dan tienduizend boeken.
Het einde was echter niet ver weg, eerst met de Brabantse revolutie van 1789-90, daarna de Franse invasie van 1793. Uiteindelijk werden op 1 September 1796 alle religieuze instellingen afgeschaft. In 1798 werd de bibliotheek leeggehaald en uiteindelijk overgebracht naar de Universiteit Gent. Vanaf 1798 werd de abdijkerk gebruikt als museum, maar werd in 1801 weer in het bezit van de kerk. In 1810 werd de rest van de abdij eigendom van de stad Gent en werd gedeeltelijk gesloopt voor de bouw van een militaire kazerne, die tot 1948 op het terrein bleef.
Rond 1950 lanceerde de stad een programma van restauratie, dat nog steeds gaande is, dat begon met het klooster en kapittelhuis, vervolgens de westvleugel, met inbegrip van de oude refter en keukens. Het werk aan de wijnkelders en zolders werd voltooid in de jaren 1970, en in 1982 het werk aan de abdijtuinen werd voltooid, en in 1986 het terras. In de jaren 90 begon de restauratie van de reftervleugel.
De abdij wordt nu gebruikt als museum en tentoonstellingscentrum, waar in 2000 een grote tentoonstelling in het kader van het jaar van Keizer Karel werd gehouden, en in oktober 2001 de 88e bijeenkomst van de Europese Raad werd gehouden.
