Die Kirche S. Stefano befindet sich in Garlate, einem hübschen mittelalterlichen Dorf mit Blick auf einen Seitenarm des Leccosees. Das Gebäude, das wir heute von seiner erhöhten Position aus sehen können, zeugt mit seinen erhaltenen romanischen Strukturen, den barocken Kapellen und den Rekonstruktionen aus dem 19. Jahrhundert von den Wechselfällen einer langen und bewegten Geschichte, aber erst die Ausgrabungen unter dem Boden der heutigen Kirche haben es möglich gemacht, etwas über eine viel ältere Vergangenheit zu erfahren, über die man bisher nur Vermutungen anstellen konnte. Zahlreiche Hinweise, wie die Entdeckung einiger spätantiker Reliquienschreine unter dem Altar im 19. Jahrhundert und das Vorhandensein unregelmäßiger architektonischer Elemente, die ebenfalls auf ein Gebäude aus frühchristlicher Zeit hinweisen, deuten auf die Antike des christlichen Kultes an diesem Ort hin, auch wenn es keine Gewissheit gibt, dass die Kirche St. Stephan als Erbe dieser langen Geschichte anzusehen ist. Bis zum Ende des 16. Jahrhunderts standen in der Nähe des heutigen Gebäudes zwei weitere Kirchen, die Stiftskirche S. Agnese und das Oratorium S. Vincenzo, die beide aufgrund ihres Alters als unrettbar galten und von Kardinal Carlo Borromeo, der 1565 einen Pastoralbesuch in der Gegend machte, zum Abriss verurteilt wurden. Bei dieser Gelegenheit wurden die alten Reliquienschreine, darunter ein wertvoller Reliquienschrein aus Silber mit Prägung aus dem 4. Jahrhundert, vom Altar der Kirche St. Agnes entfernt und in die Pfarrkirche St. Stephan gebracht, die heute das einzige religiöse Gebäude im Dorf ist.