Themelimi i Stacionit Zoologjik daton në mars 1872. Anton Dohrn, themeluesi dhe drejtori i parë, lindi në Stettin, në Pomerania, tani pjesë e Polonisë, në 1840, në një familje të shtresës së mesme. Dohrn studioi zoologji dhe mjekësi në universitete të ndryshme gjermane, por pa shumë entuziazëm. Idealet e tij ndryshuan në verën e vitit 1862 kur ai mbërriti në Jena dhe u takua atje me Ernst Haeckel i cili e prezantoi atë me veprat dhe teoritë e Çarls Darvinit. Dohrn u bë një mbrojtës i zjarrtë i teorisë së Darvinit të "prejardhjes me modifikim", teorisë së evolucionit nga seleksionimi natyror. Më pas ai vendosi t'i kushtonte jetën e tij mbledhjes së fakteve dhe ideve në mbështetje të Darvinizmit dhe kjo u bë pikënisja e një aventure të përjetshme. Gjatë karrierës së tij universitare ai kaloi periudha kërkimore në breg të detit: në Heligoland, në Hamburg, në Millport në Skoci dhe në Messina. Këtu mori formë projekti për të mbuluar globin me një rrjet stacionesh kërkimore biologjike, të ngjashme me stacionet hekurudhore, ku shkencëtarët mund të ndalonin, të mblidhnin materiale, të kryenin vëzhgime dhe eksperimente, përpara se të kalonin në stacionin tjetër.I përballur me shumë vështirësi, Dohrn filloi të fantazonte për mundësinë që biologët detarë të mbërrinin në det dhe të gjenin një tryezë pune të gatshme, me një laborator, shërbime, kimikate, revista dhe libra dhe informacione se ku dhe kur mund të ndodheshin specie të caktuara. gjetur, së bashku me informacione të dobishme për kushtet lokale të detit, shtratit të detit dhe brigjeve. Dohrn, pasi u përpoq të realizonte projektin e tij në Messina, vendosi që Napoli do të ishte vendi ideal për stacionin e tij. Zgjedhja e këtij qyteti ishte për shkak të pasurisë së madhe biologjike të detit Mesdhe dhe gjithashtu mundësisë së zhvillimit të një instituti kërkimor me rëndësi të madhe ndërkombëtare në një qytet me vokacion ndërkombëtar dhe me dimensione të mëdha. Pas një vizite në akuariumin e Berlinit, i cili sapo ishte hapur, ai mendoi se një akuarium publik mund të fitonte mjaftueshëm për të paguar një asistent të përhershëm laboratori. Napoli, me 500,000 banorët, ishte një nga qytetet më të mëdha dhe më tërheqëse evropiane, me një fluks të konsiderueshëm turistësh (30,000 në vit), vizitorë të mundshëm të akuariumit.Duke bashkuar imagjinatën, vullnetin, aftësinë diplomatike dhe një dozë të mirë fati, falë mbështetjes miqësore të shkencëtarëve, artistëve dhe muzikantëve, Anton Dohrn kapërceu dyshimet, injorancën dhe keqkuptimet dhe arriti t'i bindë autoritetet komunale që t'i jepnin pa pagesë. një copë tokë në breg të detit, në Villa Comunale të bukur, pastaj në Parkun Mbretëror. Nga ana e tij, ai premtoi se do të ndërtonte Stacionin Zoologjik me shpenzimet e tij. Dohrn e dinte saktësisht se çfarë donte dhe si, dhe i përgatiti vetë planet e ndërtimit. Themelet u hodhën në mars 1872 dhe në shtator 1873 ndërtesa përfundoi. Pas ndërtesës së parë, aktualisht pjesa qendrore, në vitet 1885-1888 u shtua një godinë e dytë, e lidhur me të parin me urë, ndërsa oborri dhe pjesa perëndimore u ndërtuan në vitin 1905. Vetëm pesëdhjetë vjet më vonë, biblioteka do të bëhet i futur midis godinës së parë dhe të dytë.Akuariumi publik, i cili mbulon një sipërfaqe prej 527 m2, u hap më 26 janar 1874 dhe mbetet unik edhe sot e kësaj dite, pasi ka ndryshuar shumë pak që nga krijimi i tij, është akuariumi më i vjetër i shekullit të 19-të ende në funksion dhe vetëm i dedikuar ekskluzivisht për faunën dhe florën e Mesdheut. Ajo u ndërtua nën mbikëqyrjen e William Alford Lloyd, një inxhinier anglez që kishte kontribuar në projektimin e akuariumeve publike në Hamburg dhe Londër.Inaugurimi zyrtar i Stacionit Zoologjik u bë më 14 Prill 1875.Sipas studimeve të fundit mbi sociologjinë e organizimit, Stacioni Zoologjik parashikoi një model të planifikimit të kërkimit shkencor post-industrial në mes të epokës industriale, i cili favorizonte temat tipike aktuale si ndërdisiplinariteti, kapaciteti menaxherial për vetëfinancim (nëpërmjet akuariumit dhe shitja e kafshëve detare në institute të tjera kërkimore, etj.), nxitja e bashkëpunimit dhe bashkëpunimit të të gjithë njerëzve të përfshirë në kërkim (bashkëpunëtorë, teknikë, peshkatarë dhe portierë). Rreth 19 fitues të çmimit Nobel kanë punuar në mënyrë aktive në laboratorët e saj, duke i dhënë një shtysë të konsiderueshme zhvillimit të shkencave biologjike.