Indviet i 2001 af kardinal Carlo Maria Martini, som det derefter blev navngivet i 2017, er museet ankomststedet for et vigtigt projekt, som nogle af de største figurer af milanesiske Erkebiskoper i det tyvende århundrede har givet deres afgørende bidrag til. Dens oprindelse går tilbage til en første intuition Velsignet af Ildefonso Schuster i 1931, blev derefter taget op af Kardinal Montini i 1960, der angiver som hjemsted for det nye museum korsgangen af Sant'eustorgio, en af de centrale steder for historie Ambrosian Kristendommen. Endelig blev kardinal Martini i firserne betroet den vanskelige opgave at starte genopbygningsarbejdet af klostrene, hårdt beskadiget af bombningen af Anden Verdenskrig, overdraget Belgiojoso-studiet.Den første Dominikanske Kloster i Milano var placeret her, med udgangspunkt i det trettende århundrede, og de to Klostre, hvor Museum, Basilica di Sant'eustorgio og Diocesan Museum ligger, er hvad der er tilbage af det gamle kloster.
Den permanente samling af Bispedømmemuseet, der besætter det andet kloster, består af mere end tusind værker mellem II og centuries .i århundreder. Fra ærkebispens kontor kom samlinger af Milanese ærkebiskopper (en del af Monti, Visconti, Riccardi, Pozzobonelli samling, og den komplette Erba Odescalchi-samling).
Foruden malerier fra bispedømmets kirker bevarer museet en betydelig gruppe værker af liturgiske møbler. Indsamlingen er gennemført af afdeling dedikeret til guld fonde (værker af det Fjortende og femtende århundrede, for det meste Toscanske, indsamlet af Prof. Alberto Crespi og doneret til museet), samt skulpturer og malerier fra samlingen af Caterina Marcenaro, tegninger fra Sozzani, indsamling og ædle Schubert arv.
Endelig, til en første kerne af skulpturelle værker af Lucio Fontana, blev der tilføjet adskillige værker fra centuries and Og and .i århundreder, en erklæring om en voksende interesse for museet for samtidighed.
