A 13.század elején kezdődött egy korábbi román stílusú templom helyett, az építkezés a század hátralévő részében folytatódott a helyi Scheldt gótikus stílusban (a közeli folyóról nevezték el). Erre a stílusra jellemző a Tournai környékéről származó kék-szürke kő használata, az átkelő feletti egyetlen nagy torony, valamint az épület sarkainál található karcsú tornyok.
Gent régi kereskedelmi központjában épült, a nyüzsgő Korenmarkt (Búzapiac) mellett, a Szent Miklós-templom népszerű volt a céhek körében, amelyek tagjai a közelben folytatták üzleti tevékenységüket. A céheknek saját kápolnáik voltak, amelyeket a 14.és 15. században adtak hozzá a templom oldalához.
A központi torony, amelyet részben a város finanszírozott, megfigyelő állomásként szolgált, és a város harangjait hordozta, amíg a szomszédos Genti harangláb meg nem épült. Ez a két torony, a Szent Bavo-székesegyházzal együtt, még mindig meghatározza a városközpont híres középkori látképét. A templom egyik kincse az orgona, amelyet a híres francia orgonaépítő, Aristide Cavaill-Coll készített.
Az épület az évszázadok során fokozatosan romlott, olyan mértékben, hogy fenyegette stabilitását. A repedéseket vakolattal borították be, az ablakokat befalazták a falak megerősítésére, a 18.században pedig kis házakat és üzleteket építettek a romos homlokzatok ellen. A templom mint történelmi emlékmű iránti érdeklődés 1840 körül merült fel, a 20.század fordulóján pedig jelentős helyreállítási tervek merültek fel. A templom melletti házakat lebontották, azóta sok felújítási munkát végeztek.
