A Szent Pétert a 7.század végén alapította Amandus, a frank királyok által küldött misszionárius, hogy Keresztényítse a régió pogány lakóit, akik két kolostort alapítottak a környéken, Szent Bavoés Szent Péter a Blandijnberg. 879-80 telén az apátságot a normannok kifosztották és kifosztották, és viszonylag szegény maradt a 10.századig, amikor I. Arnulf Gróf adományai és ereklyéi jelentősen gazdagították, csakúgy, mint Arnulf unokatestvére, Edgar angol király további adományai. Század második felére Flandria leggazdagabb apátsága volt, az apátsági iskola hírneve messze túlmutatott a városon. 984-ben Aurillaci Gerbert, a reimsi székesegyházi iskola igazgatója (később II.Szilveszter pápa) megkérdezte, hogy reimsi diákokat be lehet-e venni a Szent Péterbe, és az Artes liberales központjaként való hírneve a 11. században is folytatódott. A Szent Péter nagy földterületek tulajdonjoga révén úttörő szerepet játszott a 12.és 13. században a művelésben is, az erdőket, a mocsarakat és a mocsarakat mezőgazdasági területekké alakítva. A 15. században nagyszabású építési program hozta létre az apátsági könyvtárat és a scriptoriumot, kibővítette a refektóriumot, és az apátsági templomot és más épületeket jelentősen megszépítették. Szent Péter első hanyatlása az 1539-es Genti lázadást követően kezdődött, és az 1560-as évekre az alacsony országokat vallási válság sújtotta, amely 1566-ban ikonoklasztok támadását eredményezte, amelyben az apátsági templom tönkrement, a könyvtár kifosztottés más épületek súlyosan megrongálódtak. A gyengélkedőt a szerzetesek ideiglenes otthonaként, a refektóriumot pedig istentiszteleti helyként használták. Az ellenállás azonban folytatódott, és 1578-ban az apát és a szerzetesek kénytelenek voltak Douaiba menekülni. Az apátság épületeit nyilvános árverésen értékesítették, részben lebontották, az anyagokat a városfalak építéséhez használták fel. Az apátság végül 1584-ben került vissza a templom kezébe, és végül újjáépítették, egy új, 1629-ben megkezdett apátsági templommal, barokk stílusban, valamint számos más új épülettel és felújítással. A 18.század folyamán az apátság ismét virágzott, mivel új épületeket építettek, a régebbieket pedig kibővítették, ideértve a régi Kollégium átalakítását több mint tízezer könyvvel rendelkező könyvtárrá. A vég azonban nem volt messze, először a Brabanti forradalom 1789-90-ben, majd a francia invázió 1793-ban. Végül szeptember 1-jén 1796-ban a könyvtár eltörölte az összes vallási intézményt. 1798-ban a könyvtárat kiürítették, végül a Genti Egyetemre vitték. 1798-tól az apátsági templomot múzeumként használták, de 1801-ben visszakerült a templom tulajdonába. 1810-ben az apátság többi része Gent városának tulajdonába került, részben lebontották egy katonai laktanya építése céljából, amely 1948-ig a helyszínen maradt. 1950 körül a város elindított egy helyreállítási programot, amely még mindig folyamatban van, amely a kolostor és a káptalanház, majd a nyugati szárny, beleértve a régi refektóriumot és konyhákat. A borospincék és padlások munkálatai az 1970-es években fejeződtek be, 1982-ben befejeződtek az apátsági kertek, 1986-ban pedig a terasz munkálatai. Az 1990-es években megkezdődött a refektórium szárnyának helyreállítása. Az apátságot ma múzeumként és kiállítási központként használják, amely 2000-ben Károly császár évének részeként nagyszabású kiállításnak adott otthont, 2001 októberében pedig az Európai Tanács 88.ülésének adott otthont.