Els sepulcres van ser traslladats des de l'interior de l'antiga església de S. Francesco, avui una ruïna monumental sense sostre, al pòrtic i es van tornar a muntar l'any 1659. Tal com apareix avui, però, el pòrtic és fruit d'una reconstrucció neogòtica, acabada. el 1850 per l'enginyer Filippo Bandini. La tomba de Paola Bianca Malatesti, que va ser la primera esposa de Pandolfo III, està decorada amb estatuetes, prestatgeries, arcs penjants i columnes retorçades que coronen la imatge del difunt, ajagut a la tapa del sarcòfag molt elaborat. És una autèntica obra mestra de l'escultura del gòtic tardà importada de Venècia, del mestre Filippo di Domenico. Més modesta és la Tomba de Bonetto da Castelfranco, encarregada per Sigismondo Malatesti per allotjar les restes del seu fidel metge. Al costat oposat del portal domina el sepulcre renaixentista de Pandolfo III Malatesti volgut pel seu fill Sigismondo que amb tota probabilitat va confiar el disseny a Leon Battista Alberti. Durant les recents restauracions a les quals va ser sotmès tot el conjunt monumental, es va trobar de manera inesperada el cos momificat de Pandolfo III.
