Kirken Santa Maria di Rivotorto ligger et par kilometer fra Santa Maria degli Angeli, og blev bygget i neo-Gotisk stil efter jordskælvet i 1854, på stedet af en tidligere bygning bygget for at beskytte "Tugurio francescano", som nu holdes inde i kirken. Dette er ruinerne af et sted, hvor traditionen siger, at helgen og hans ledsagere søgte tilflugt for at bede og meditere. På facaden af kirken er toppene af Basilikaen Saint Francis (som helligdommen afhang), og frem for hoveddøren, den sætning: "Hic primordia Fratrum Minorum" (Her begyndelse af Friars Minor), der minder om den tradition, ifølge hvilken Saint Francis udarbejdede grundlaget for Franciskaner-Reglen.
Indersiden af Kirken har tre gange, adskilt af polygonale søjler. Her vil du finde den ydmyge "tugurio di somma umilitate", på stedet, hvor det blev opdaget, place saint tog tilflugt hos Bernardo da Quintavalle og Pietro di Catanio. Det er dannet af tre små værelser, hvoraf den anden bruges som et kapel, med et femtende århundrede alter alter på en ottekantet cippus. I kirken, på modfacaden, er et maleri af Saint Michael Archangel af Domenico Mattei. På væggene er malerier af Cesare Sermei hentyder til franciskanske historie.
