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L'erezione dello Studium venne decretata dall'imperatore Federico II di Svevia il 5 giugno (il 5 luglio secondo talune fonti) 1224 tramite una lettera circolare (generalis lictera) inviata da Siracusa. Poiché fu creata per volere stesso dell'imperatore, l'Università di Napoli è considerata in assoluto la prima università laica in Europa di tipo statale (non fondata, cioè, da corporazioni o associazioni di intellettuali, o di studenti ma in forza di un provvedimento sovrano). Due furono i motivi principali che spinsero l'imperatore all'edificazione dello Studium: in primo luogo la formazione esclusiva del personale amministrativo e burocratico della curia regis (la classe dirigente del regno) e quindi la preparazione dei giuristi che avrebbero aiutato il sovrano nella definizione dell'ordinamento statale e nell'esecuzione delle leggi; in secondo luogo agevolare i propri sudditi nella formazione culturale, evitando loro inutili e costosi viaggi all'estero.
La scelta della sede cadde su Napoli per motivi non solo culturali (la città aveva una lunga tradizione in merito, legata alla figura di Virgilio, che viene richiamata esplicitamente in un documento dell'epoca), ma anche geografici ed economici (i traffici via mare, il clima mite e la posizione strategica all'interno del Regno furono, in un certo modo, determinanti). Per l'organizzazione dello Studium ci si avvalse dell'opera di due eminenti giuristi campani: Pier delle Vigne e Taddeo da Sessa.
