Universitetet i Coimbra Botaniske Have ligger i det historiske centrum af byen, på en af skråningerne på højre bred af floden Mondego. Det er den største botaniske have i Portugal og kan dateres til 1773; Begyndelsen af arbejdet var under ledelse af Domingos Vandelli (1735-1816), der fremlagde et forslag til et layout, der ligner Paduas have. Men kun en del af hans projekt blev bygget, terrassen, der blev kaldt "The S .uare", på skråningen af grunden til Benediktinerklosteret.Dens anlagte stier, blomsterbede, planter og træer er dejlige at udforske, og det er virkelig en af de mest attraktive haver i Europa. Hjem til over 1200 forskellige arter af planter og træer, kan du finde eukalyptus vokser ved siden af bambus og koral træer, blandt andre.
