A Királyi Ásványtani Múzeum a Collegio Massimo dei Gesuiti rangos könyvtárában található. 1801 tavaszán IV. Bourbon Ferdinánd alapította, és fontos tudományos kutatóközpont volt, amelynek célja a Nápolyi Királyság ásványkincseinek bővítése volt. Ez különbözteti meg sok más múzeumtól, amelyeket kizárólag az ásványok látványos és mindig lenyűgöző világának megőrzésére hoztak létre. Illusztris ásványkutatók dolgoztak ott, köztük Matteo Tondi és Arcangelo Scacchi, akiket máig a nemzetközi tudományos fórum vezető alakjainak tekintenek. Az intézmény legmagasabb tudományos presztízsét 1845-ben érte el, abban az évben, amikor a múzeumot az olasz tudósok VII. Kongresszusának helyszínéül választották, amelyen ezerhatszáztizenegy tudós rendkívüli részvétele zajlott. A Királyi Ásványtani Múzeum fontos társadalmi-politikai szerepet is játszott a város történetében. 1848-ban, miután II. Ferdinánd megadta az alkotmányt, a Királyi Múzeum monumentális termében tartották a képviselőház első üléseit; végül 1860-ban adott otthont a tizenkét szavazóhelyiség egyikének, ahol az Olasz Királysághoz való csatolásról szavaztak. A mintegy 800 négyzetméteres kiállítási terület a monumentális teremből, valamint az Arcangelo Scacchinak és Antonio Parascandolának szentelt termekből áll. A gyűjtemények magas történelmi és tudományos értéke a Királyi Múzeumot a legjelentősebb olasz ásványtani múzeumok közé, és minden bizonnyal a világ legismertebbek közé sorolja. A 25 000 kiállítási tárgy különböző gyűjteményekre oszlik. A Királyi Múzeum Nagy Gyűjteménye a világ számos geológiai valóságát reprezentáló ásványokból áll; némelyik szépségükhöz és méretükhöz képest igazi ritkaság. Számos, 1789 és 1797 között gyűjtött példány „történelminek” számít, és különösen tudományos és gyűjtői érdeklődésre tart számot, és a mára elhagyott európai bányászati területekről származnak. A Grandi Cristalli Collection jelentős méretű és tökéletes formájú kristályokkal büszkélkedhet; a 482 kg-os pár madagaszkári hialin-kvarckristály között, amelyet III. Bourbon Károlynak adományoztak 1740-ben, és a XIX. század elején a Múzeumban helyezték el. A Vezúv Gyűjtemény egyedülálló a maga nemében mind tudományos relevanciája, mind egyes leletek ritkasága és szépsége miatt. Az 1800-as évek elején kezdődött, és az idők során új fajokkal gazdagodott, amelyeket az elmúlt 200 évben találtak a Vezúvin. A Mesterséges Kristálygyűjtemény Arcangelo Scacchi által szintetizált és a londoni (1862) és párizsi (1867) egyetemes kiállításokon díjazott példányokból áll. Az 1807-ben megkezdett Tufi Campani ásványgyűjtemény olyan igazi ritkaságokat mutat be, mint a fluoborit, amely megfelel a hiteltelen noceritnek és hornezitnek. A Meteoritgyűjtemény leletei közül kiemeljük a 7583 grammos sziderit példányt, amelyet 1784-ben találtak a mexikói Tolucában. Végezetül felidézzük a Kemény Kövek Gyűjteményét a nápolyi kézművességre jellemző kameákkal, a Vezúv lávával vert Éremgyűjteményt, köztük az 1805-ös IV. Ferdinánd és Mária Karolina profilját reprodukáló éremgyűjteményt, valamint a lávában vert gyönyörű érmet. 1859-ből III. Napóleon tiszteletére a Tudományos Eszközgyűjtemény, beleértve azt a függőleges körrel ellátott reflexiós szögmérőt, amelyet Arcangelo Scacchi épített 185 1-ben egy tengerészeti szerszámokra specializálódott nápolyi mesterember által.