Grandioasa Villla of the Mysteries este probabil cea mai cunoscută clădire din toate săpăturile, cuprinzând aproximativ 60 de camere și este ruina unei locuințe romane suburbane, situată la aproximativ 800 de metri nord-vest de Pompei. Își trage numele de la frescele dintr-o cameră a locuinței, care, potrivit majorității cercetătorilor, înfățișează inițierea mireselor în plăcerile dionisiace.Descoperit parțial în 1909-1910, complexul este un exemplu admirabil de amestec de villa d'otium și villa rustica, posibil aparținând familiei Istacidii, printre cele mai importante din Pompeiul augustan. Conform celor mai recente studii, aspectul său arhitectural datează din secolul I î.Hr. și a suferit transformări ulterioare până în momentul erupției (79 d.Hr.).Dispunerea actuală a vilei se datorează intervențiilor care au avut loc după cutremurul din anul 62 d.Hr., când a început transformarea clădirii din vilă rezidențială în complex agricol și productiv. La momentul erupției din 79 d.Hr., lucrările de adaptare a structurii erau în curs de desfășurare de către ultimul proprietar.Cartierul rezidențial de lux era situat pe latura de vest și orientat spre mare, așezat pe o axă de perspectivă impresionantă, compusă în succesiune din atrium, tablinum și living închis la capăt de o exedră panoramică semicirculară fenestrată.Din salonul cu exedră se intră, printr-un pasaj lateral, în Sala Misterelor. Numele vilei se datorează frescelor care decorează acest triclinio.Sala misterelor este încununată de un ciclu pictural extraordinar, discutat pe larg de cercetători, care ocupă banda mediană a încăperii, deasupra unui soclu decorat cu marmură falsă care servește drept podium. Scena este dominată de cuplul divin din centrul peretelui din spate, în care sunt identificați Dionisos și Afrodita (sau Ariadna).Punctul culminant al tensiunii narative este atins în scena rituală în care o femeie îngenuncheată își descoperă falusul, în timp ce o figură înaripată se ocupă de o flagelație rituală.