Veličastna stavba Villla dei Misteri je morda najbolj znana med vsemi izkopavanji, saj obsega približno šestdeset sob in je ruševina predmestnega rimskega bivališča približno 800 metrov severozahodno od Pompejev. Ime je dobila po freskah v eni od sob v stanovanju, ki po mnenju večine raziskovalcev prikazujejo uvajanje nevest v dionizične užitke.Kompleks, delno odkrit v letih 1909-1910, je občudovanja vreden primer mešanice villa d'otium in villa rustica, ki je morda pripadal družini Istacidijev, eni najpomembnejših v avgustejskih Pompejih. Po najnovejših raziskavah je njegova arhitekturna zasnova nastala v 1. stoletju pred našim štetjem z nadaljnjimi preobrazbami do izbruha (79 n. št.).Sedanja razporeditev vile je posledica posegov, ki so se zgodili po potresu leta 62 našega štetja, ko se je začela preobrazba stavbe iz stanovanjske vile v kmetijski in proizvodni kompleks. V času izbruha leta 79 n. št. so potekala dela za prilagoditev strukture s strani zadnjega lastnika.Razkošna stanovanjska četrt se je nahajala na zahodni strani in je bila obrnjena proti morju, postavljena pa je bila na osupljivo perspektivno os, sestavljeno iz atrija, tablinuma in dnevne sobe, ki jo je na koncu zapirala panoramska polkrožna eksedra s polkrožnimi polkroglimi okni.Iz dnevne sobe z eksedrom se skozi stranski prehod vstopi v dvorano misterijev. Vila je dobila ime po freskah, ki krasijo ta triklinij.Dvorano misterijev krona izjemen slikarski cikel, o katerem so znanstveniki veliko razpravljali in ki zavzema srednji pas prostora nad podstavkom, okrašenim z umetnim marmorjem, ki služi kot podij. Prizor obvladuje božanski par na sredini zadnje stene, v katerem sta prepoznana Dioniz in Afrodita (ali Ariadna).Vrhunec pripovedne napetosti doseže obredni prizor, v katerem klečeča ženska razkrije svoj falus, medtem ko krilati lik namerava obredno bičati.
