Die grandiose Villla der Mysterien ist vielleicht das bekannteste Gebäude aller Ausgrabungen. Sie umfasst etwa sechzig Räume und ist die Ruine eines römischen Vorstadthauses etwa 800 Meter nordwestlich von Pompeji. Der Name stammt von den Fresken in einem Raum der Wohnung, die nach Ansicht der meisten Gelehrten die Einweihung der Bräute in die dionysischen Vergnügungen darstellen. Der 1909-1910 teilweise entdeckte Komplex ist ein bewundernswertes Beispiel für eine Mischung aus Villa d'otium und Villa rustica, die möglicherweise der Familie der Istacidii gehörte, die zu den wichtigsten im augusteischen Pompeji zählte. Den neuesten Studien zufolge geht die architektonische Anlage auf das 1. Jahrhundert v. Chr. zurück und wurde bis zum Ausbruch des Vulkans (79 n. Chr.) umgestaltet. Der heutige Grundriss der Villa ist auf die Eingriffe nach dem Erdbeben im Jahr 62 n. Chr. zurückzuführen, als die Umwandlung des Gebäudes von einer Wohnvilla in einen landwirtschaftlichen und produktiven Komplex begann. Zum Zeitpunkt des Ausbruchs im Jahr 79 n. Chr. waren die Arbeiten zur Anpassung des Bauwerks durch den letzten Besitzer im Gange. Das luxuriöse Wohnviertel befand sich auf der Westseite und war dem Meer zugewandt. Es wurde auf einer markanten perspektivischen Achse errichtet, die nacheinander aus einem Atrium, einem Tablinum und einem Wohnzimmer bestand, das am Ende durch eine halbrunde Exedra mit Panoramafenstern abgeschlossen wurde. Vom Wohnzimmer mit Exedra gelangt man durch einen Seitengang in den Saal der Mysterien. Die Villa verdankt ihren Namen den Fresken, die dieses Triclinium schmücken. Der Saal der Mysterien wird von einem außergewöhnlichen Bilderzyklus gekrönt, der von der Wissenschaft viel diskutiert wird und das mittlere Band des Raumes über einem mit Kunstmarmor verzierten Sockel einnimmt, der als Podium dient. Die Szene wird von dem göttlichen Paar in der Mitte der Rückwand beherrscht, in dem Dionysos und Aphrodite (oder Ariadne) identifiziert werden. Der Höhepunkt der erzählerischen Spannung wird in der rituellen Szene erreicht, in der eine kniende Frau ihren Phallus entblößt, während eine geflügelte Figur eine rituelle Geißelung vornimmt.
