Axel Munthe kam zum ersten Mal im Alter von 18 Jahren nach Capri. Bei dieser Gelegenheit "kollidierte" der angehende Arzt mit der Realität der Insel, die sich völlig von der Pariser oder zumindest der europäischen Realität unterschied, die er gewohnt war. In der Tat hatte er es mit ganz anderen Menschen zu tun als mit seinen üblichen Bekannten. Auf Capri hatte jeder, unabhängig von seiner sozialen Herkunft, eine ganz bestimmte Rolle innerhalb der "Gemeinschaft", die oft von Tradition und Gewohnheit bestimmt wurde. In Begleitung einer dieser Persönlichkeiten, Maria Portalettere, stieß Axel Munthe auf die Überreste eines Palastes, der einst dem römischen Kaiser Tiberius gehörte, flankiert von einer stillgelegten Kapelle und einem Weinberg, der Mastro Vincenzo, einem anderen Inselbewohner, gehörte. Er war von der Schönheit der Insel so beeindruckt, dass er sogar ihren Geist wahrnahm, der allegorisch durch eine "in einen reichen Mantel gehüllte Gestalt" dargestellt wurde, mit der er einen "geistigen Pakt" schloss, demzufolge er nur dann rechtmäßiger Eigentümer des Grundstücks werden würde, auf dem die Villa gebaut werden sollte, wenn er "dem Ehrgeiz, sich in [seinem] Beruf einen Namen zu machen", entsagte. Munthe widmete daher einen Großteil seines Lebens dem Bau der Villa und des Gartens. Damals waren die Gärten von Capri voll von Funden aus den römischen Villen, die aus dem Boden auftauchten. Die Bauern nannten sie "Tibberios Sachen" und gaben sie spontan dem Arzt, der sie seiner Sammlung von römischen, etruskischen und ägyptischen Artefakten hinzufügte, die er auf seinen Reisen gesammelt hatte.
Zu den wichtigsten Objekten, die in der Villa San Michele bewundert werden können, gehören der Kopf der Medusa, der den Venustempel in Rom schmückte, Objekte der mittelalterlichen sakralen Kunst, toskanische Möbel aus dem 18. Jahrhundert, Fresken und römische Skulpturen wie die Marmorbüste des Kaisers Tiberius, der kosmateske Marmortisch, der sizilianische schmiedeeiserne Kronleuchter und die ägyptische Sphinx. Letzteres ist fast zu einem Symbol des Wohnsitzes von Axel Munthe geworden und befindet sich an einem der schönsten Aussichtspunkte der gesamten Villa San Michele. Die Legende besagt, dass der Wunsch in Erfüllung geht, wenn man die linke Hand auf die Sphinx legt und sich etwas wünscht, während man auf das Meer von Capri blickt. Im Garten kann man eine Reihe von Pflanzen bewundern, die für die mediterrane Flora charakteristisch sind - wie Kamelien, Hortensien, schöne Rosensträucher, Pinien und Zypressen - und die von einem typischen weißen Säulengang mit Pergola umgeben sind, der eines der charakteristischen Merkmale der lokalen Villen ist. Darüber hinaus bietet der Garten einen außergewöhnlichen Blick auf den Golf von Neapel. Die Villa San Michele ist heute ein öffentlich zugängliches Museum, in dem im Sommer das Musikfestival Concerti al Tramonto stattfindet.
Die Geschichte des Baus der Villa wurde später von Munthe in seinem Buch "Storia di San Michele" erzählt, einem Bestseller, der in die Liste der meistübersetzten Bücher der Welt aufgenommen wurde.
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