Axel Munthe est venu à Capri pour la première fois à l'âge de 18 ans. À cette occasion, le futur médecin s'est "heurté" à la réalité de l'île, qui était complètement différente de la réalité parisienne, ou du moins européenne, à laquelle il était habitué. Il s'est retrouvé, en fait, à avoir affaire à des personnes complètement différentes de ses connaissances habituelles. À Capri, chacun avait un rôle bien précis au sein de la "communauté", quelle que soit son extraction sociale, dicté, bien souvent, par la tradition et l'habitude. C'est en compagnie de l'une de ces personnalités, Maria Portalettere, qu'Axel Munthe est tombé sur les vestiges d'un palais ayant appartenu à l'empereur romain Tibère, flanqué d'une chapelle désaffectée et d'un vignoble appartenant à mastro Vincenzo, un autre habitant de l'île. Il est tellement frappé par la beauté de l'île qu'il en perçoit même l'esprit, représenté allégoriquement par un personnage "enveloppé d'un riche manteau", avec lequel il conclut un "pacte spirituel", selon lequel il ne deviendra le propriétaire légitime du terrain sur lequel la villa sera construite que s'il renonce à "l'ambition de se faire un nom dans [sa] profession". Munthe a donc consacré une grande partie de sa vie à la construction de la villa et du jardin. À cette époque, les jardins de Capri regorgeaient de trouvailles provenant des villas romaines et remontant à la surface du sol. Les paysans les appelaient "les affaires de Tibberio" et les donnaient spontanément au médecin, qui les ajoutait à sa collection d'objets romains, étrusques et égyptiens qu'il avait rassemblés au cours de ses voyages.
Parmi les principaux objets que l'on peut admirer à la Villa San Michele figurent la tête de Méduse qui ornait le temple de Vénus à Rome, des objets d'art sacré médiéval, des meubles toscans du XVIIIe siècle, des fresques et des sculptures romaines telles que le buste en marbre de l'empereur Tibère, la table en dalles de marbre cosmatesque, le lustre en fer forgé sicilien et le sphinx égyptien. Ce dernier est devenu presque un symbole de la résidence d'Axel Munthe et est situé sur l'un des points les plus panoramiques de toute la Villa San Michele. Selon la légende, si vous posez votre main gauche sur le Sphinx et faites un vœu en regardant la mer de Capri, ce vœu se réalisera. Dans le jardin, on peut admirer une série de plantes caractéristiques de la flore méditerranéenne - comme des camélias, des hortensias, de beaux rosiers, des pins et des cyprès - entourées d'une colonnade blanche typique avec une pergola, l'un des éléments caractéristiques des villas locales. En outre, le jardin offre une vue extraordinaire sur le golfe de Naples. La Villa San Michele est désormais un musée ouvert au public et accueille en été le festival musical Concerti al Tramonto.
L'histoire de la construction de la villa a ensuite été racontée par Munthe dans son livre "Storia di San Michele", un best-seller qui est entré dans la liste des livres les plus traduits au monde.
