Axel Munthe kwam voor het eerst naar Capri toen hij 18 jaar oud was. Bij die gelegenheid "botste" de toekomstige arts met de werkelijkheid van het eiland, die totaal anders was dan de Parijse, of althans Europese, werkelijkheid waaraan hij gewend was. Hij kreeg namelijk te maken met heel andere mensen dan zijn gebruikelijke kennissen. Op Capri had iedereen, ongeacht zijn sociale afkomst, een zeer precieze rol binnen de "gemeenschap", die heel vaak werd bepaald door traditie en gewoonte. In gezelschap van een van deze persoonlijkheden, Maria Portalettere, stuitte Axel Munthe op de overblijfselen van een paleis dat ooit toebehoorde aan de Romeinse keizer Tiberius, geflankeerd door een in onbruik geraakte kapel en een wijngaard van mastro Vincenzo, een andere bewoner van het eiland. Hij was zo getroffen door de schoonheid van het eiland dat hij zelfs de geest ervan ontwaarde, allegorisch voorgesteld door een figuur "gehuld in een rijke mantel", met wie hij een "geestelijk pact" sloot, volgens welke hij alleen de rechtmatige eigenaar zou worden van de grond waarop de villa zou worden gebouwd als hij afzag van "de ambitie om naam te maken in [zijn] beroep".Munthe wijdde dus een groot deel van zijn leven aan de bouw van de villa en de tuin. In die tijd lagen de tuinen van Capri vol vondsten van Romeinse villa's die uit de grond kwamen; de boeren noemden het "Tibberio's spullen" en gaven het spontaan aan de dokter, die het toevoegde aan zijn verzameling Romeinse, Etruskische en Egyptische artefacten die hij tijdens zijn reizen had verzameld.Tot de belangrijkste voorwerpen die in Villa San Michele kunnen worden bewonderd, behoren het hoofd van Medusa dat de tempel van Venus in Rome sierde, voorwerpen van middeleeuwse heilige kunst, 18e-eeuwse meubelen uit Toscane, fresco's en Romeinse beelden zoals de marmeren buste van keizer Tiberius, de Cosmateske marmeren tafel, de Siciliaanse smeedijzeren kroonluchter en de Egyptische sfinx. Deze laatste is bijna een symbool geworden van de woning van Axel Munthe en staat op een van de meest panoramische punten van de hele Villa San Michele. De legende vertelt dat als je je linkerhand op de sfinx legt en een wens doet terwijl je naar de zee van Capri kijkt, deze wens uitkomt.In de tuin kan men een reeks planten bewonderen die kenmerkend zijn voor de mediterrane flora - zoals camelia's, hortensia's, prachtige rozenstruiken, dennen en cipressen - omgeven door een typische witte zuilengalerij met een pergola, een van de karakteristieke kenmerken van de plaatselijke villa's. Bovendien biedt de tuin een buitengewoon uitzicht op de Golf van Napels. Villa San Michele is tegenwoordig een museum dat toegankelijk is voor het publiek en waar in de zomer het muziekfestival Concerti al Tramonto plaatsvindt.Het verhaal van de bouw van de Villa werd later door Munthe verteld in zijn boek "Storia di San Michele", een bestseller die op de lijst van meest vertaalde boeken ter wereld kwam.
Top of the World