Het grandioze Villla van de Mysteriën is misschien wel het bekendste gebouw van alle opgravingen. Het bestaat uit ongeveer zestig kamers en is de ruïne van een Romeinse voorstadwoning op ongeveer 800 meter ten noordwesten van Pompeii. Het ontleent zijn naam aan de fresco's in een kamer van de woning, die volgens de meeste geleerden de inwijding van bruiden in Dionysische genoegens uitbeelden.Gedeeltelijk ontdekt in 1909-1910, is het complex een bewonderenswaardig voorbeeld van een mix van villa d'otium en villa rustica, mogelijk behorend tot de familie van de Istacidii, één van de belangrijkste in het Augustus Pompeii. Volgens de meest recente studies dateert de architectonische indeling uit de eerste eeuw voor Christus met latere transformaties tot het moment van de uitbarsting (79 na Christus).De huidige indeling van de villa is te danken aan de ingrepen die plaatsvonden na de aardbeving in 62 na Christus, toen werd begonnen met de omvorming van het gebouw van een residentiële villa tot een landbouw- en productiecomplex. Ten tijde van de uitbarsting in 79 na Christus waren de werkzaamheden voor de aanpassing van de structuur door de laatste eigenaar aan de gang.De luxueuze woonwijk lag aan de westkant en keek uit op de zee, op een opvallende perspectiefas die achtereenvolgens bestond uit een atrium, tablinum en woonkamer die aan het eind werd afgesloten door een panoramisch geventileerde halfronde exedra.Vanuit de woonkamer met exedra komt men, via een zijgang, in de Hall of Mysteries. De naam van de villa is te danken aan de fresco's die dit triclinium versieren.De Mysteriezaal wordt bekroond door een buitengewone, door geleerden veelbesproken beeldencyclus, die de middenband van de zaal beslaat, boven een met imitatiemarmer versierde sokkel die als podium dient. De scène wordt gedomineerd door het goddelijke paar in het midden van de achterwand, waarin Dionysus en Aphrodite (of Ariadne) worden geïdentificeerd.De climax van de narratieve spanning wordt bereikt in de rituele scène waarin een geknielde vrouw haar fallus blootlegt, terwijl een gevleugelde figuur een rituele geseling uitvoert.