Η μεγαλοπρεπής Βίλλα των Μυστηρίων είναι ίσως το πιο γνωστό κτίριο από όλες τις ανασκαφές, περιλαμβάνει περίπου εξήντα δωμάτια και είναι το ερείπιο μιας προαστιακής ρωμαϊκής κατοικίας περίπου 800 μέτρα βορειοδυτικά της Πομπηίας. Πήρε το όνομά της από τις τοιχογραφίες σε ένα δωμάτιο της κατοικίας, οι οποίες, σύμφωνα με τους περισσότερους μελετητές, απεικονίζουν τη μύηση των νυφών στις διονυσιακές απολαύσεις.Το συγκρότημα ανακαλύφθηκε εν μέρει το 1909-1910 και αποτελεί ένα αξιοθαύμαστο παράδειγμα μείγματος villa d'otium και villa rustica, το οποίο πιθανώς ανήκε στην οικογένεια των Istacidii, από τις σημαντικότερες της Αυγουστιανής Πομπηίας. Σύμφωνα με τις πιο πρόσφατες μελέτες, η αρχιτεκτονική του διάταξη χρονολογείται από τον 1ο αιώνα π.Χ. με μεταγενέστερους μετασχηματισμούς μέχρι την εποχή της έκρηξης (79 μ.Χ.).Η σημερινή διάταξη της έπαυλης οφείλεται στις επεμβάσεις που έγιναν μετά τον σεισμό του 62 μ.Χ., οπότε άρχισε η μετατροπή του κτιρίου από οικιστική έπαυλη σε γεωργικό και παραγωγικό συγκρότημα. Την εποχή της έκρηξης του 79 μ.Χ., βρίσκονταν σε εξέλιξη εργασίες προσαρμογής της κατασκευής από τον τελευταίο ιδιοκτήτη.Η πολυτελής οικιστική συνοικία βρισκόταν στη δυτική πλευρά και έβλεπε προς τη θάλασσα, τοποθετημένη σε έναν εντυπωσιακό προοπτικό άξονα που αποτελείται διαδοχικά από ένα αίθριο, ένα tablinum και ένα σαλόνι που κλείνει στο τέλος με μια πανοραμική ημικυκλική εξεδρά με παράθυρα.Από το σαλόνι με την εξέδρα εισέρχεται κανείς, μέσω ενός πλευρικού περάσματος, στην Αίθουσα των Μυστηρίων. Η βίλα οφείλει το όνομά της στις τοιχογραφίες που διακοσμούν αυτό το τρικλίνιο.Η Αίθουσα των Μυστηρίων επισφραγίζεται από έναν εξαιρετικό εικαστικό κύκλο, που συζητείται ευρέως από τους μελετητές, ο οποίος καταλαμβάνει τη μεσαία ζώνη της αίθουσας, πάνω από ένα βάθρο διακοσμημένο με ψεύτικο μάρμαρο που χρησιμεύει ως βάθρο. Στη σκηνή δεσπόζει το θεϊκό ζευγάρι στο κέντρο του πίσω τοίχου, στο οποίο ταυτίζονται ο Διόνυσος και η Αφροδίτη (ή Αριάδνη).Η κορύφωση της αφηγηματικής έντασης επιτυγχάνεται στην τελετουργική σκηνή, στην οποία μια γονατιστή γυναίκα αποκαλύπτει τον φαλλό της, ενώ μια φτερωτή μορφή προτίθεται να μαστιγώσει τελετουργικά.
