Η κρύπτη του San Magno χτίστηκε από τον επίσκοπο Pietro da Salerno ταυτόχρονα με τον καθεδρικό ναό μεταξύ 1072 και 1104. Ήταν να χρησιμεύσει ως θησαυρός για τη διατήρηση όλων όσων ένας καθεδρικός ναός έχει το πιο ιερό: τα λείψανα των Αγίων. Το δωμάτιο έχει τρία κλίτη σε σχέση με αυτά της άνω εκκλησίας και τρεις αψίδες. Οι Δώδεκα κίονες ταυτίζουν είκοσι μία φορές ότι, με τους αντίστοιχους τοίχους τους, διακοσμούνται από έναν εικονογραφικό κύκλο εξαιρετικής ομορφιάς που αφηγείται την ιστορία της σωτηρίας του ανθρώπου, από τη δημιουργία του μέχρι το τέλος του χρόνου. Οι τοιχογραφίες αποδίδονται σε τρία εργαστήρια ανωνύμων καλλιτεχνών γνωστών ως πρώτος Διδάσκαλος του Αναγνίση ή μάστερ των μεταφράσεων, δεύτερος Διδάσκαλος του Αναγνώστου ή Διδάσκαλος του Αναγνίση και τρίτος Διδάσκαλος του Αναγνώστου. Για στυλιστικούς και ιστορικούς λόγους οι τοιχογραφίες της κρύπτης τοποθετούνται μεταξύ του τέλους του XII αιώνα και του πρώτου μισού του XIII αιώνα.
