Ιδρύθηκε από εποίκους από τον Τάραντα και τη Θουρία γύρω στο 434 π.Χ., μετά από έναν πόλεμο που τους είχε θεωρήσει εχθρούς. Η πόλη βρίσκεται σε ένα ύψωμα μεταξύ των ποταμών Άγρι και Σίννη, στα απομεινάρια της πόλης Σύρις, και το 374 π.Χ. επιλέχθηκε ως πρωτεύουσα της Ιταλιώτικης Συμμαχίας στη θέση της Θουρίας, η οποία είχε πέσει στα χέρια των Λουκανίων. Αργότερα, δημιουργήθηκε ένα αστικό συγκρότημα στην ακτή με το όνομα Σύρις, το οποίο, ωστόσο, με την αρχαία Σύρις έχει μόνο ονοματολογική αλλά όχι τοπογραφική συνέχεια.Το 280 π.Χ., η πόλη αποτέλεσε το σκηνικό της μάχης της Ηράκλειας μεταξύ του Τάραντα και της Ρώμης. Επίσης γύρω στο 280 π.Χ., οι Ρωμαίοι προσέφεραν στην πόλη της Ηράκλειας μια ειδική συνθήκη συμμαχίας, επιτυγχάνοντας να την απομακρύνουν από την επιρροή του Τάραντα και να την καταστήσουν ομόσπονδη πόλη της Ρώμης.Από την περίοδο αυτή χρονολογούνται επίσης οι πινακίδες της Ηράκλειας, που σήμερα βρίσκονται στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο της Νάπολης, οι οποίες είναι χάλκινες πινακίδες με ελληνικά κείμενα σχετικά με τη δημόσια και συνταγματική τάξη της πόλης. Στο πίσω μέρος αυτών μεταγράφεται, στα λατινικά, το lex Iulia Municipalis.Στο τέλος του πολέμου μεταξύ των Ρωμαίων και των Ταραντινών, η Ηράκλεια, όπως και ολόκληρη η Λουκανία και η Απουλία, περιήλθε στη ρωμαϊκή κυριαρχία.Το 212 π.Χ., η πόλη πολιορκήθηκε και κατακτήθηκε από τον Αννίβα. Αργότερα έγινε και πάλι μια ακμάζουσα πόλη και οι κάτοικοί της περιγράφονται ως Nobiles Homines από τον Κικέρωνα στο Pro Archia, την απολογία του ποιητή Aulus Licinius Archia, πολίτη της Ηράκλειας.Το 89 π.Χ., οι Ηρακλείδες έλαβαν τη ρωμαϊκή ιθαγένεια με το lex Plautia Papiria. Καθ' όλη τη διάρκεια της δημοκρατικής εποχής, η Ηράκλεια ταλαιπωρήθηκε από κοινωνικές αναταραχές, οι οποίες έφτασαν στο αποκορύφωμά τους το 72 π.Χ. με το πέρασμα του Σπάρτακου. Ο πληθυσμός κατέφυγε τότε στο ανώτερο τμήμα της πόλης. Κατά την αυτοκρατορική εποχή, ωστόσο, άρχισε η παρακμή της. Εκεί διέμεναν ο ποιητής Αρχίας και ο μεγάλος ζωγράφος Ζευσίσης, πιθανώς γηγενής της πόλης.Τα ερείπια μπορούν σήμερα να επισκεφθούν μαζί με το Εθνικό Μουσείο της Σειρητίδας στο Πολύκορο, το οποίο στεγάζει τα περισσότερα από τα αντικείμενα που βρέθηκαν εκεί. Από την αρχαία πόλη, στο κάτω μέρος, μπορεί να δει κανείς το ναό της Αθηνάς, από τον οποίο σώζονται τα θεμέλια, και το ναό της Δήμητρας. Στην ακρόπολη, από την άλλη πλευρά, τα λείψανα της πόλης διατηρούνται καλύτερα και είναι ορατή η πολεοδομική διάταξη που αποτελείται από ορθογώνιους οδικούς άξονες. Στα δυτικά βρίσκεται η συνοικία των αγγειοπλαστών με σπίτια με προσαρτημένους κλιβάνους. Στα νότια και δυτικά βρίσκονται οι νεκροπόλεις. Διάσημες προσωπικότητες της εποχής συνέδεσαν το όνομά τους με την Ηράκλεια: Ο Ζεύσις (5ος αιώνας π.Χ.), ένας αρχαίος Έλληνας ζωγράφος. Ο Πύρρος (318 π.Χ. - Άργος, 272 π.Χ.), ήταν βασιλιάς της Ηπείρου, έλαβε μέρος στη μάχη της Ηράκλειας. Publius Valerius Levinus (3ος αιώνας π.Χ.), ήταν Ρωμαίος ύπατος, έλαβε μέρος στη μάχη της Ηράκλειας.