Το Museo Lapidario Estense είναι το πρώτο δημόσιο μουσείο που ιδρύθηκε στη Μόντενα. Η ίδρυσή του οφείλεται στον Δούκα Francis IV της Αυστρίας-Este, ο οποίος στις 31 Μαρτίου 1828 αποφάσισε τη γέννησή του με το όνομα του Μουσείου Modenese Lapidary. Ήταν εμπνευσμένο από επιφανή παραδείγματα, όπως το Maffeiano Lapidary Μουσείο στη Βερόνα (1738), ή η lapidary Gallery στο Μουσείο Chiaramonti στο Βατικανό (1800-1823), αλλά με μια ιδιόμορφη κλίση του πολίτη με στόχο να δοξάσει το ένδοξο παρελθόν της πόλης από την προέλευσή της ως ρωμαϊκή αποικία της Mutina.
Ο αρχικός πυρήνας αποτελείται από μερικά κομμάτια που έχουν ήδη διατηρηθεί στο Παλάτι των Δόγηδων στη Μόντενα, που αποκτήθηκαν από την Este από άλλες συλλογές Αρχαιοτήτων ή ως ανασκαφικά ευρήματα από τα εδάφη των Δουκών Brescello και Novellara. Από την αρχή, οι πολίτες, ξεκινώντας από τους εκπροσώπους του κλήρου και της αριστοκρατίας, δεσμεύτηκαν να δωρίσουν υλικά στις περιουσίες τους και να χρηματοδοτήσουν το μουσείο, το οποίο σε δύο χρόνια κατέγραψε σημαντική αύξηση, που πιστοποιείται από τις δύο επιγραφές αναμνηστικές των ευεργετών του (1828 και 1830) σώζεται. Ο επιστημονικός κατάλογος που δημοσιεύθηκε το 1830 από τον πρώτο διευθυντή του, Carlo Malmusi, καθορίζει τις αρχές που ενέπνευσαν το ίδρυμα:" να εξυπηρετήσει την αρχαιολογία "," για τη μνήμη των επιφανών προγόνων "και" να μελετήσει την πρόοδο της τοπικής γλυπτικής ". Επιπλέον τα ευρήματα από τη ρωμαϊκή εποχή, στην πραγματικότητα χαιρέτισε αμέσως στις μνήμες και arche ταφή για αιώνες, μέχρι το τέλος του δέκατου Έβδομου αιώνα, είχαν τοποθετηθεί στο προαύλιο του ναού, στη νότια πλευρά του Καθεδρικού ναού ή σε άλλα κτήρια του ιερού της Modena και Reggio Emilia: μια πρακτική προέκυψε ακόμη στην εποχή του protoumanistica, στη βάση του κοντά στην Μπολόνια, στη μνήμη των πολιτών που διακρίνονται πάνω απ ' όλα στον τομέα του δικαίου και της ιατρικής.
Μετά την ενοποίηση της Ιταλίας, το Museo Lapidario απέκτησε νέους χώρους υπό τη διεύθυνση του Arsenio Crespellani, συγγραφέα ενός νέου καταλόγου το 1897. Η τελευταία μουσειογραφική διάταξη ήταν αυτή του Καίσαρα Γιώργη του 1938, που ανακτήθηκε με τις προσεκτικές εργασίες αποκατάστασης του τέλους του περασμένου αιώνα.