Το Μουσείο χτίστηκε μεταξύ 1933 και 1939 για να στεγάσει δύο γιγαντιαία πλοία που ανήκαν στον αυτοκράτορα Καλιγούλα (37-41 μ.Χ.) και τα οποία ανασύρθηκαν από τα νερά της λίμνης μεταξύ 1929 και 1931. Ως εκ τούτου, ήταν το πρώτο μουσείο στην Ιταλία που κατασκευάστηκε για το περιεχόμενό του, δύο κύτη διαστάσεων 71,30 x 20 μ. και 73 x 24 μ. αντίστοιχα, τα οποία δυστυχώς καταστράφηκαν κατά τη διάρκεια πυρκαγιάς το 1944. Το Μουσείο επαναλειτούργησε το 1953, έκλεισε ξανά το 1962 και άνοιξε ξανά το 1988.
Στη νέα διαρρύθμιση, η αριστερή πτέρυγα είναι αφιερωμένη στα πλοία, από τα οποία εκτίθενται ορισμένα υλικά, όπως η ανακατασκευή της οροφής με χάλκινα κεραμίδια, δύο άγκυρες, η επένδυση του τροχού της πλώρης, ορισμένος πρωτότυπος ή ανακατασκευασμένος εξοπλισμός του πλοίου (μια νορία, μια αντλία εμβόλου, ένα μπλοκ, μια πλατφόρμα με ρουλεμάν). Εκτίθενται επίσης δύο μοντέλα των πλοίων σε κλίμακα 1:5 και μια ανακατασκευή σε πλήρη κλίμακα του πρυμναίου αποστόλου του πρώτου πλοίου, πάνω στο οποίο έχουν τοποθετηθεί χάλκινα αντίγραφα των κιβωτίων με τα φερίνια πρωτότυπα.
Η δεξιά πτέρυγα, από την άλλη πλευρά, είναι αφιερωμένη στον εποικισμό της αλβανικής επικράτειας κατά τη δημοκρατική και αυτοκρατορική εποχή, με ιδιαίτερη έμφαση στους τόπους λατρείας- εδώ εκτίθεται αναθηματικό υλικό από το Velletri (S. Clemente), το Campoverde (Latina), το Genzano (στύλος του Pantanacci) και το ιερό της Diana στη Nemi, καθώς και υλικό από τη συλλογή Ruspoli. Στο εσωτερικό αυτής της πτέρυγας είναι επίσης δυνατό να θαυμάσετε ένα μουσειοποιημένο τμήμα του ρωμαϊκού πλακόστρωτου του clivus Virbii, που οδηγούσε από την Ariccia στο ιερό της Diana.
