Το Αρχαιολογικό Μουσείο βρίσκεται σε ένα εξαιρετικό αρχιτεκτονικό πλαίσιο, το πρώην μοναστήρι του μεγάλου μοναστηριού του San Maurizio, που ιδρύθηκε τον όγδοο αιώνα μ.Χ., όπου η ιστορία του αρχαίου Μιλάνου εξακολουθεί να δείχνει τα ίχνη του. Η περιοχή καταλήφθηκε από ένα κτίριο κατοικιών του πρώτου αιώνα μ.χ., τα τείχη και το μεγάλο Ρωμαϊκό τσίρκο δίπλα στο Αυτοκρατορικό Παλάτι του τέλους του τρίτου αιώνα μ. Χ., από τα οποία σώζονται σημαντικά ερείπια.
Οι συλλογές εκτίθενται σε διαφορετικά δωμάτια ανάλογα με την κουλτούρα του ανήκειν. Στο ισόγειο, πέρα από το πρώτο μοναστήρι (αρχιτεκτονική διακόσμηση Μιλανέζικης προέλευσης) είναι το τμήμα αφιερωμένο στο αρχαίο Μιλάνο. Η επίσκεψη συνεχίζεται στο εσωτερικό μοναστήρι ("η μιλανέζικη κοινωνία μέσω των επιγραφών") όπου μπορείτε να επισκεφθείτε τον πολυγωνικό Πύργο (τέλη του ΙΙΙ αιώνα) με τις μεσαιωνικές τοιχογραφίες (XIII αιώνα).
Στο υπόγειο μπορείτε να επισκεφθείτε το Τμήμα Τέχνης του Gandhara και το τμήμα living in Mediolanum. Από το εσωτερικό μοναστήρι του μουσείου, κατά μήκος του πεζόδρομου που διασχίζει τα ρωμαϊκά τείχη φτάνετε στο κτίριο της via Nirone 7, νέα επέκταση του μουσείου. Στο ισόγειο, δίπλα στην αίθουσα συνεδριάσεων-διδασκαλίας δημιουργείται ένα μονοπάτι αφιερωμένο στην αρχαία μουσική (σιωπηλοί ήχοι. Εικόνες και μουσικά όργανα του Πολιτειακού Αρχαιολογικού Μουσείου του Μιλάνου). Στον πρώτο όροφο βρίσκεται το τμήμα του υψηλού Μεσαίωνα, στο δεύτερο το ετρουσκικό τμήμα ενώ ο τρίτος όροφος είναι αφιερωμένος στο ελληνικό τμήμα. Από ένα μικρό δωμάτιο στο κάτω μέρος του Ετρουσκικού τμήματος μπορείτε να ρίξετε μια ματιά στους δύο ρωμαϊκούς πύργους του συγκροτήματος του μεγάλου μοναστηριού. Μέσα στον πολυγωνικό Πύργο των τειχών εκτίθεται γλυπτό που δώρισε στο Δήμο Μιλάνου ο Μίμμο Παλαντίνο. Οι αιγυπτιακές, προϊστορικές και πρωτοϊστορικές συλλογές εκτίθενται στα δωμάτια Visconti του Castello Sforzesco.