Το ψηφιδωτό δάπεδο του καθεδρικού ναού είναι σημαντικού μεγέθους, εκτείνεται σε όλο το μήκος του κυρίως ναού και αποτελείται από περίπου 600.000 πολύχρωμα ψηφιδωτά τοπικής ασβεστολιθικής σύνθεσης. Απεικονίζει το Δέντρο της Ζωής και ανατέθηκε από τον επίσκοπο Gionata το 1163 και υλοποιήθηκε από τον μοναχό Pantaleone από το αβαείο του S. Nicola di Casale στο Otranto, ο οποίος ολοκλήρωσε το αριστούργημα το 1165.Μια πρώτη ιδιαιτερότητα του ψηφιδωτού είναι το γεγονός ότι φέρει χαραγμένο το όνομα του δημιουργού του, σε αντιστοιχία με την κύρια είσοδο, γεγονός τουλάχιστον ασυνήθιστο για την εποχή και πιθανώς να οφείλεται στο προνόμιο να αποδοθούν τα εύσημα στον καλλιτέχνη ως ευχαριστία για τη λαμπρή επιτυχία του έργου.Όπως αναφέρθηκε, το νόημα που δίνουν οι περισσότεροι ειδικοί στην παράσταση είναι αυτό του Δέντρου της Ζωής, αλλά υπάρχουν αμφιλεγόμενες θεωρίες και δεν έχει ποτέ καταλήξει κανείς σε ένα συμπέρασμα που να ικανοποιεί όλες τις σχολές σκέψης, αφήνοντας ένα πέπλο μυστηρίου γύρω από το έργο.Αυτό που είναι σαφές, ωστόσο, είναι ότι γύρω από το δέντρο, το οποίο εκτείνεται από την είσοδο στο πρεσβυτέριο, ξετυλίγεται ένα πλήθος σκηνών από την Παλαιά Διαθήκη, που συμβολίζουν τη βασανιστική πορεία του ανθρώπου για να ξεπεράσει τις αμαρτίες και να επιτύχει την αιώνια σωτηρία: τα γεγονότα του Αδάμ και της Εύας, εκείνα του Κάιν, του Άβελ, η σύλληψη της Κόλασης και του Παραδείσου. Δεν λείπουν οι μυθολογικές και ιστορικές αναφορές, όπως αυτές στον βασιλιά Αρθούρο και τον Μέγα Αλέξανδρο. Επίσης, πολύ εντυπωσιακή είναι η απεικόνιση των δώδεκα μηνών του έτους, στους οποίους είναι αφιερωμένο ένα κυκλικό τμήμα, καθώς και η αναπαράσταση των σχετικών εποχιακών εργασιών.Ο πλούτος και η ποικιλία των στοιχείων και των συμβόλων που υπάρχουν είναι μια ακόμη απόδειξη του τρόπου με τον οποίο το Otranto αποτελούσε πάντα σημείο συνάντησης μεταξύ πολιτισμών, λαών και διαφορετικών καλλιτεχνικών και πολιτιστικών ρευμάτων. Η γεωγραφική θέση που απολαμβάνει η πόλη διευκόλυνε τη συνάντηση και την ανταλλαγή μεταξύ Δύσης και Ανατολής, εκθέτοντας συχνά τον τόπο σε επιθέσεις και εισβολές που περισσότερο από ευνοούσαν, επέβαλαν τη δική τους κουλτούρα. Μετά από χιλιετίες ιστορίας, αυτό που απομένει είναι μια σειρά από θησαυρούς, αποτυπώματα, σημάδια του περάσματος διαφορετικών λαών, οι οποίοι εμπλούτισαν τους θησαυρούς του Otranto επίσης και κυρίως από καλλιτεχνική άποψη.