Собор Святого Петра был основан в конце 7 века Амандусом, миссионером, посланным франкскими королями для обращения в христианство языческих жителей региона, который основал в этом районе два монастыря: Святого Баво и Святого Петра на Бландийнберге. Зимой 879-80 годов аббатство подверглось набегу и разграблению норманнов, и оно оставалось относительно бедным до 10 века, когда пожертвования имущества и реликвий графа Арнульфа I значительно обогатили его, как и дальнейшие пожертвования двоюродного брата Арнульфа, короля Англии Эдгара. Ко второй половине столетия это было самое богатое аббатство во Фландрии, а репутация аббатской школы распространилась далеко за пределы города.
В 984 году Герберт Орийакский, директор кафедральной школы Реймса (впоследствии папа Сильвестр II), поинтересовался, могут ли ученики из Реймса быть приняты в собор Святого Петра, и его слава как центра свободных искусств продолжалась и в 11 веке. Собор Святого Петра, благодаря своему владению большими участками земли, также сыграл новаторскую роль в земледелии в 12-13 веках, превратив леса, вересковые пустоши и болота в сельскохозяйственные угодья. В 15 веке в рамках масштабной программы строительства были созданы библиотека и скрипторий аббатства, расширена трапезная, а церковь аббатства и другие здания были значительно украшены.
Первый упадок Святого Петра начался после Восстания в Генте в 1539 году, а к 1560-м годам Нидерланды погрузились в религиозный кризис, который привел к нападению иконоборцев в 1566 году, в результате которого церковь аббатства была разрушена, библиотека разграблена, а другие здания сильно повреждены. Лазарет был использован в качестве временного жилища для монахов, а трапезная использовалась как место поклонения. Однако сопротивление продолжалось, и в 1578 году аббат и монахи были вынуждены бежать в Дуэ. Здания аббатства были проданы с публичных торгов и частично снесены, а материалы были использованы для строительства городских стен. Аббатство, наконец, вернулось в руки церкви в 1584 году, и в конечном итоге оно было перестроено с новой церковью аббатства, построенной в 1629 году в стиле барокко, а также несколькими другими новыми постройками и реконструкциями. В 18 веке аббатство вновь процветало, так как были построены новые здания и расширены старые, в том числе было преобразовано старое общежитие в библиотеку с более чем десятью тысячами книг.
Однако конец был не за горами: сначала Брабантская революция 1789-90 годов, затем французское вторжение 1793 года. Наконец, 1 сентября 1796 года Директория упразднила все религиозные учреждения. В 1798 году библиотека была опустошена и в конце концов передана Гентскому университету. С 1798 года церковь аббатства использовалась как музей, но в 1801 году была возвращена в собственность церкви. В 1810 году остальная часть аббатства перешла в собственность города Гент и была частично снесена для строительства военных казарм, которые оставались на этом месте до 1948 года.
Примерно в 1950 году город начал программу реставрации, которая продолжается до сих пор, которая началась с монастыря и капитула, затем западного крыла, включая старую трапезную и кухни. Работы над винными погребами и чердаками были завершены в 1970-х годах, а в 1982 году были завершены работы над садами аббатства, а в 1986 году - над террасой. В 1990-е годы началась реставрация трапезного крыла.
В настоящее время аббатство используется как музей и выставочный центр, где в 2000 году была проведена крупная выставка в рамках Года императора Карла, а в октябре 2001 года состоялось 88-е заседание Европейского совета.
