Църквата стои на върха на хълма в очарователно място. На мястото на сегашната църква съществува малка църква, построена от камалдолските монаси през XI век и посветена на Свети Василий. Църквата е била повредена по време на торбата на Кортон 1258 и възстановена през 1288 г.Свети Маргарита е посветена, както и Свети Василий, Свети Егидий на Монако и Света Екатерина Александрия. Света Маргарита, в задната стая на тази църква е живяла последните години от живота си и е починала там през 1297 година. Погребана е в църквата "Св.Василий". Скоро след смъртта на Маргьорит кортонци, в близост до църквата, построена голяма църква по проект на Джовани Пизано и през 1330 премества тялото на Св.от сградата на XIV век остават само розетка на фасадата, камбанарията и външните стени на хор. В продължение на триста часа църквата продължава да бъде украсена с важни стенописи. От този цикъл стенописи до нас са достигнали само няколко фрагменти, запазени в епархиальном музей, но запазено свидетелство за това в Кодекса на XVII век, който документира с 21 акварельными сцени стенописи, изгубени в 1653 г., когато поради лошото си състояние на запазване те са били унищожени. Анализът на оцелелите фрагменти насърчава датирането им около 1335 г.и приписването им на работилницата на единия или на двамата братя Лоренцети. През 1385 г.църквата е предадена на оливетанските монаси, заменени през 1389 г. от непълнолетни наблюдатели, които все още се грижат за нея и приветстват посетителите. Църквата е имала последователна реализация в съвременната епоха, от които остават олтари век, но най-важната трансформация, но напълно е изчезнал, е нещо, което е пожелано в средата на 700-те години на Иоан V, крал на Португалия, който е получил благодатта на св. Сегашната църква е резултат от реконструкция на деветнадесети век, възложена първо на архитект Енрико Presenti, който замени първоначалната инсталация с един нефом с базиликата, а след това архитект Мариано Фалькини, който завърши на свещената сграда, не угодив кортонцам. Така че през 1896 г.архитектът Джузепе Кастелучи е натоварен с преустройството на фасадата, която носи розетка от 14-ти век на древната църква. През август 1927 г.е издигнат в Сан минор. В параклиса на левия трансепт се намира мраморен гробен паметник на Св. Маргарита от XIV век; почитаните останки почиват в сребърна урна (1646) при главния олтар.
